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案例2：cancer基因与邻近增强子的环化共扩增 原文：Morton AR, Dogan-Artun N, Faber ZJ, et al. Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell. 2019 Nov 27;179(6):1330-1341 期刊：Cell 影响因子：36.22 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了cancer基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件，研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征，EGFR基因案例表明tumour细胞中的cancer基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强，是一个十分有效的促cancer机制。总之，这项研究综合利用各项计算分析和实验手段，率先揭示了增强子在cancer基因环化扩增介导的促cancer效应中所发挥的重要作用，这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。云序生物的测序服务在业界获得较多好评。服务测序平台

样本要求 样品类型： 细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。 样品量： a）细胞 2×107 b）组织 200 mg c）DNA：>=10 µg，溶于无菌水或 TE（PH = 8）（OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。 样品运输及保存： 样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。河南研究测序云序生物利用启动子区(TSS-2000 ~ TSS+2000)富集峰对应的基因进行通路分析。

血清血浆环状DNA测序游离于染色体基因组之外的DNA(extrachromosomalDNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA(extrachromosomalcircularDNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA,而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是cancer细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。

案例1：母体血浆中染色体外环状DNA的鉴定与特性分析 原文：Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasm 期刊：Proc Natl Acad Sci 影响因子：11.201 作者观察到在孕妇的血浆中存在染色体外环状DNA (环状DNA)，并通过限制性内切酶和Tn5转座酶处理后的改良的测序方法，在孕妇的血浆中鉴定出了环状DNA分子。他们发现血浆的环状DNA分子比线性的长，在这些环状DNA分子中，胎儿来源的环状DNA短于母体来源的环状DNA。此外，环状DNA的闭合圆形结构可能允许抗外切酶，因此这些分子比它们的线性对应物具有更高的稳定性。这些特性为环状DNA的研究和生物标志物的开发提供了机会。云序生物拥有受行业认可的BD Rhapsody™单细胞测序平台。

组织细胞环状DNA测序服务云序组织细胞环状DNA测序服务（Circle-seq），采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的cancer基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的cancer基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumour异质性的重要机制。每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率 。吉林修饰测序RNA甲基化

m7G MeRIP测序方式，采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程。服务测序平台

案例1：人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱 原文：Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision 期刊：Nature Methods 影响因子：26.9 美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段，检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比，2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区，其中近一半在剪接位点附近，相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性，并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是，2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说，该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。服务测序平台

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