从eccDNA全新视角理解生物过程的发生和发展，这篇NatureCommunication文章提供了best好的参照。研究者在进行eccDNA-seq之后对高通量数据进行整理归纳，从eccDNA的个数、长度、来源、分布和基因相关性进行深入分析，造就一篇10分以上“表达谱”的文章。这将会是一个契机，通过快速的eccDNA-seq结合PCR方式率先用“谱”的方式快速阐述一个疾病当中哪些基因易于成环、哪些基因扩增效率更高并快速和疾病的发生和发展建立联系，有理由相信这种虽然简单但是高度创新的文章一定会备受瞩目，影响因子再创新高。云序采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA。新疆环状DNA分子A&ABio...

1. 神经母细胞瘤eccDNA整体统计 研究人员联合eccDNA-seq和RNA-seq（云序生物提供此服务）技术，与开创性的生物信息学算法相结合，first次在神经母细胞瘤（一种主要发生在儿童的致命tumour）中进行详细的环状DNA序列分析。本研究中分析了93名儿童的神经母细胞瘤组织样本，结果显示，每个组织样本平均检测到5600多个eccDNA。 2.eccDNA在基因组特征分布 实验结果显示eccDNA在基因区域大量富集，特别是在MYCN扩增的神经母细胞瘤中。更进一步分析发现，eccDNA中的多个与神经母细胞瘤相关的基因如MYCN、JUN、MDM2、SOX11、TAL2发生扩增。这也与以...

2.eccDNA长度分布与来源探索eccDNA是环状结构，这样一种分子的长度分布如何？测序结果显示99%的eccDNA长度小于25Kb，其中only有占比约1%的分子大于25Kb。在这99%当中，在0.1Kb以及5Kb处有富集峰，这表明该区段的eccDNA占绝大多数。经典的知识体系告诉我们重复序列以及5sRNA部分best容易成环，事实上测序结果也充分证明这一点，SINE（3.1%）、LINE（3.5%），中心粒（2.0%），以及sRNA（8.1%）部分是best经典的成环结构，大量的环能够匹配到这些区域。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。山东文章 环状DNA染色体...

1. 神经母细胞瘤eccDNA整体统计 研究人员联合eccDNA-seq和RNA-seq（云序生物提供此服务）技术，与开创性的生物信息学算法相结合，first次在神经母细胞瘤（一种主要发生在儿童的致命tumour）中进行详细的环状DNA序列分析。本研究中分析了93名儿童的神经母细胞瘤组织样本，结果显示，每个组织样本平均检测到5600多个eccDNA。 2.eccDNA在基因组特征分布 实验结果显示eccDNA在基因区域大量富集，特别是在MYCN扩增的神经母细胞瘤中。更进一步分析发现，eccDNA中的多个与神经母细胞瘤相关的基因如MYCN、JUN、MDM2、SOX11、TAL2发生扩增。这也与以...

无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的ai基因转录本是直接来自于eccDNA的，而eccDNA的染色质是高度开放的，eccDNA的ai基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得eccDNA是驱动tumour异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，eccDNA可以影响细胞生命活动，促进tumour细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，eccDNA不onlyonly可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理...

ai基因在eccDNA上扩增的重新发现以及eccDNA在tumour基因组重排的新发现，不only挑战了目前对于tumour基因重排的理解，还迫切促使我们重新考虑当前ai症基因组图谱包含的空间信息。而本文这项研究只在神经母细胞瘤中，还有待将来扩展到其他类型的tumour，因此eccDNA在其他ai症基因组图谱和新功能还有更广阔的探索空间，相信eccDNA作为新时代的科研探索热点势不可挡，为了帮助老师们搭上eccDNA探索的“高铁”，此刻云序生物向各位研究者隆重推荐best新eccDNA-seq技术，该技术作为业内率先发布的eccDNA测序服务，能够帮助大家紧扣科研时代脉搏，紧跟前沿步伐，更快、...

ai基因在eccDNA上扩增的重新发现以及eccDNA在tumour基因组重排的新发现，不only挑战了目前对于tumour基因重排的理解，还迫切促使我们重新考虑当前ai症基因组图谱包含的空间信息。而本文这项研究只在神经母细胞瘤中，还有待将来扩展到其他类型的tumour，因此eccDNA在其他ai症基因组图谱和新功能还有更广阔的探索空间，相信eccDNA作为新时代的科研探索热点势不可挡，为了帮助老师们搭上eccDNA探索的“高铁”，此刻云序生物向各位研究者隆重推荐best新eccDNA-seq技术，该技术作为业内率先发布的eccDNA测序服务，能够帮助大家紧扣科研时代脉搏，紧跟前沿步伐，更快、...

首先，我们来看什么是环状DNA。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式，如常见的线粒体DNA、叶绿体DNA、细菌基因组、细菌质粒、部分病毒基因组等。那么本文要讨论的染色体外环状DNA同上述提到的几种形式有什么不同呢？我们都知道线粒体DNA和质粒的都是以线性的DNA的形式存在的，其染色质成分并没有组蛋白，因而也不存在核小体的结构，并且不会发生染色体序列的折叠和三级结构。而eccDNA，既然叫做染色体外环状DNA，那么它首先应该是存在于真核生物当中的（原核生物、细胞器、病毒等不存在染色体的结构），其次必须是以环状的形式存在的，再者是游离于染色体外的，并且具有完整的核小体结构，也就是说，其染色质...

就DNA损伤修复而言，研究发现致ai物会提高eccDNA的水平，同时一些特异的DNA损伤修复蛋白是eccDNA形成所必需的，但是还有一些是非必需的。best后，虽然我们在上述eccDNA推测的形成机制中提到的大多是与DNA复制有关的，但事实上，不发生DNA复制的情况下，eccDNA也可以存在。所以说，eccDNA的形成并不是一个简单过程，而是可能由多种因子，多种蛋白，并且有一个复杂的调控机制参与的过程，具有很重要的生物学功能。云序生物是国内best早提供eccDNA测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞eccDNA测序服务的开发。云序极大地提高了环状DNA的检出率。浙江环状DNA是...

eccDNA的基因组来源和生物发生机制已然明了，接下来需要明确的就是eccDNA的生物学功能了。由于eccDNA的基因组来源随机，导致其没有明显的序列特征，于是研究者的目光便转移到了eccDNA的环状结构上来。早前有报道发现，凋亡细胞可刺激免疫反应；另一边厢，也有研究认为，包括TLR9、HMGB1在内的先天免疫相关蛋白，对弯折的DNA结构（DNAcurvatures）具有选择性的亲和力。因为eccDNA也具有DNA弯折结构，所以研究者大胆猜测：eccDNA可能因为其空间结构特征而在先天免疫过程中发挥作用。目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列。青海环状DNA分析染...

聚焦孕期女性血浆当中的eccDNA检测。不同于线性DNA，eccDNA长度更长，母系来源的eccDNA比胚胎来源的eccDNA分子长度也更长。成环位点上下游的信息有效的提示了可能的eccDNA形成机制，为接下来eccDNA的进一步研究奠定基础。这些成果都有利于推动eccDNA在液体活检以及生物标志物方面的应用。 2020年年初的寒潮并不能冰冻eccDNA在科研界的火热。重量级期刊的文章发表已经为我们一年的科研指明了方向，游走在线性DNA之外的eccDNA将是生物医学领域best闪亮的星。新分子，新方向，机遇与挑战并存，运气与实力同在，祝愿各位生物医学的工作者在新的一年能抢占先机，eccDNA将...

案例1：环状DNA促进染色质的开放和促ai基因的表达研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配（opticalmapping），从序列的角度发现，扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不only证实了tumour中的环状DNA确实是环状的，还证明了环状DNA的染色质是高度开放的，从而进一步阐释了环状DNA能大量表达ai基因和其环状结构介导的超远距离相互作用，这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。安徽云序生物环状DNA染色体外环状DNA(Ecc...

目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）；（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。环状DNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。云序组织细胞环状DNA测序服务（Circle-seq），采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环...

首先，我们来看什么是环状DNA。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式，如常见的线粒体DNA、叶绿体DNA、细菌基因组、细菌质粒、部分病毒基因组等。那么本文要讨论的染色体外环状DNA同上述提到的几种形式有什么不同呢？我们都知道线粒体DNA和质粒的都是以线性的DNA的形式存在的，其染色质成分并没有组蛋白，因而也不存在核小体的结构，并且不会发生染色体序列的折叠和三级结构。而eccDNA，既然叫做染色体外环状DNA，那么它首先应该是存在于真核生物当中的（原核生物、细胞器、病毒等不存在染色体的结构），其次必须是以环状的形式存在的，再者是游离于染色体外的，并且具有完整的核小体结构，也就是说，其染色质...

eccDNA的大小从几百bp到几十Mb不等，其中较小的一种是2012年Science报道的被称作MicroDNA的特殊的eccDNA，大小只有200-400bp，有片段过短，因此不能携带完整的基因序列；但是目前MicroDNA被认为具有一些重要的调节功能，包括调控RNA的转录过程，或者通过分子海绵的作用调控一些非编码RNA的表达，同时这种DNA也被认为是可能在未来应用于液体活检来监测ai症的发生和发展的一种体外游离DNA的形式。双微体形式存在的eccDNA一般较大，100kb-3Mb等，很多可以在光学显微镜下被观察到，能够携带一些完整的基因结构和上游的调控序列。通过严谨的环状DNA生信流程，实...

染色体外环状DNA(EccDNA)是指起源于染色体的环状DNA，但一旦产生，这些DNA很可能独li于染色体DNA。1964年Alix Bassel和Yasuo Hoota首先发现了位于细胞核内的eccDNA，被称为双分钟(Dms)。Eccdnabest初是通过核型鉴定为独li于染色体存在于ai细胞中的dna，但由于技术的进步，特别是下一代测序和生物信息学的进步，eccna已经成为一种新的分子，其众多的特征和功能被发现。 EccDNA的长度足以容纳它们自己的复制起点，能够编码氨基酸，并且已经在tumour组织中观察到，在ai症医治中，它们best常含有ai基因或与耐药相关的基因。EccDNA的其...

1. 神经母细胞瘤eccDNA整体统计 研究人员联合eccDNA-seq和RNA-seq（云序生物提供此服务）技术，与开创性的生物信息学算法相结合，first次在神经母细胞瘤（一种主要发生在儿童的致命tumour）中进行详细的环状DNA序列分析。本研究中分析了93名儿童的神经母细胞瘤组织样本，结果显示，每个组织样本平均检测到5600多个eccDNA。 2.eccDNA在基因组特征分布 实验结果显示eccDNA在基因区域大量富集，特别是在MYCN扩增的神经母细胞瘤中。更进一步分析发现，eccDNA中的多个与神经母细胞瘤相关的基因如MYCN、JUN、MDM2、SOX11、TAL2发生扩增。这也与以...

3.eccDNA-seq与RNA-seq联合分析 研究发现eccDNA环化多来源于ai基因，那eccDNA对基因的表达有着怎样的影响呢？作者在这里利用RNA-seq（云序提供此服务）技术进行探究，结果并未发现小于1kb的eccDNA中的基因表达发生变化，基因表达的增加主要发生在大于1kb的eccDNA中。利用等位基因特异性表达方法分析发现高表达的基因来源于环状等位基因,但是环状DNA中基因拷贝数与环状外基因的拷贝数并无明显区别,这也表明eccDNA还存在其他与tumour相关的功能。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。天津云序环状...

总的来说，eccDNA的形成是依赖于DNA的序列特征、复制过程和DNA损伤的修复的。从目前已有的研究进展来看，就序列特征而言，串联重复序列会更容易造成eccDNA的形成；并且大部分的eccDNA有段重复序列，但是也有相当的部分没有重复序列，不能与任何附近的序列发生重组；高GC、转录刺激区域，像R-loop形成和修复促进eccDNA的形成；同源重组会切除重复DNA产生序列更大的eccDNA。而就DNA损伤修复而言，研究发现致ai物会提高eccDNA的水平，同时一些特异的DNA损伤修复蛋白是eccDNA形成所必需的，但是还有一些是非必需的。环状DNA在不同基因区域、重复序列元件区域分布。文章 环状...

染色体外环状DNA(EccDNA)是指起源于染色体的环状DNA，但一旦产生，这些DNA很可能独li于染色体DNA。1964年Alix Bassel和Yasuo Hoota首先发现了位于细胞核内的eccDNA，被称为双分钟(Dms)。Eccdnabest初是通过核型鉴定为独li于染色体存在于ai细胞中的dna，但由于技术的进步，特别是下一代测序和生物信息学的进步，eccna已经成为一种新的分子，其众多的特征和功能被发现。 EccDNA的长度足以容纳它们自己的复制起点，能够编码氨基酸，并且已经在tumour组织中观察到，在ai症医治中，它们best常含有ai基因或与耐药相关的基因。EccDNA的其...

病毒是地球上best神秘的生物之一。它们是世界上best小的生命形式之一。鉴于没有宿主它们就不能存活和复制，因此一些科学技质疑它们应当被视为生物。如今，包括巴西米纳斯吉拉斯联邦大学病毒学家Jônatas Abrahão在内的一个研究团队发现一种病毒具有无法识别的基因，这使得它成为所有已知病毒中best奇怪的一种。但是，我们真正知道多少种病毒？另一个研究团队刚刚发现了数千种新病毒，它们潜藏在数十种动物的组织中。 Abrahão说，这些发现说明了我们对病毒“还有很多仍然需要去了解”。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。测序环状DNA分析云序生物是国内best早提供 ecc...

样本要求样品类型：细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。样品量：a）细胞2×107b）组织200mgc）DNA：>=10µg，溶于无菌水或TE（PH=8）（OD260/280值应在1.7～2.0之间；RNA应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。样品运输及保存：样品运输：样品置于1.5mLEppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。目前，环状DNA可以作为一种新型特异的tumour标志物。中国台湾环状DNA介绍组织细胞环状DNA测序游离于染色体基因组...

样品类型：组织、细胞、血清血浆或DNA样品。样品量：a）细胞：2×107b）组织：200mgc）血清血浆：5mLd）DNA：>=10µg，溶于无菌水或TE（PH=8）（OD260/280值应在1.7～2.0之间；RNA应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。样品运输及保存：样品运输：样品置于1.5mLEppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。2019年关于环状RNA的国自然审批金额高达8000多万。安徽测序环状DNA测序为了寻找 eccDNA 基因组来源，...

传统上，环状 DNA 被认为only存在于原核生物以及部分病毒当中，在真核生物当中，only有半自主细胞器线粒体和叶绿体当中具有环状 DNA。1964年，伊利诺伊大学的 Yasuo Hotta 和 Alix Bassel 却在小麦的胚和公猪精ye当中发现了环状 DNA，证明了这种看似结构怪异的 DNA 在高等植物和哺乳动物中亦存在。从 1960 年代至今的半个多世纪里，研究者已经在几乎所有的物种当中发现环状 DNA 的踪迹。因为这些环状 DNA 存在于染色体之外，因此也得名“染色体外环状 DNA”（ extrachromosomal circular DNA，简称 eccDNA）。不过，ecc...

2017年：Nature，17种tumour的2572种细胞系的全基因组测序分析，证明eccDNA在tumour组织中普遍存在； 2018年：Nature Communications，健康人的肌肉和血液细胞中分离到超过十万种eccDNA分析，它们绝大部分都携带基因或基因片段，证明eccDNA在正常组织中是普遍存在的； 2019年：Nature Genetics, eccDNA驱动神经母细胞瘤基因组重塑； 2019年：Nature，eccDNA促进染色质可接近性和致ai基因的高表达； 2019年：Cell，功能性增强子自造成染色体外ai基因的扩增。云序采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA。中...

4. eccDNA新功能 作者分析测序数据发现神经母细胞瘤基因组中多数染色体内和染色体间基因的重排与eccDNA区域相吻合，支持了eccDNA介导基因组重塑的猜想。而且2018年文章报道在对546个儿科tumour基因组重排情况数据收集分析发现其中9%的儿科tumour的eccDNA存在树状重排模式，由此作者推测eccDNA衍生的树形重排可以dai表eccDNA整合到基因组中形成嵌合体。作者发现环状整合位点以及嵌合体中富集了tumour相关基因。检测整合对于基因表达的影响发现eccDNA整合激huo原ai基因的表达扩增以及异常融合基因表达。这些研究结果为儿童ai症的发病机理研究提供了一个方向，...