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mRNA m6Am-Exo-seq 测序服务 云序生物在国内首批引入 m6Am-Exo-seq 测序服务,利用 5’ 核酸外切酶消除非目的性的 RNA的 片段上 m6A 修饰的信号干扰,选择性地获取 mRNA 5’ 帽子结构下游 m6Am 修饰富集区域的序列信息。对选择性获取到的 m6Am 修饰的 RNA 的片段进行反转录建库和高通量测序,可为后续的生物信息学分析提供丰富的数据,进而揭示差异性 m6Am 修饰位点的特征及其可能的生物学功能,为您的科研课题提供强劲的助力。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。云序生物采用商业化RIP试剂盒,保证了RIP实验的成功率和稳定性。山西上海云序生物测序

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A&ABio的环状DNA纯化柱技术简介研究组织、细胞的环状DNA测序常用Circle-seq技术,Circle-seq测序中就包含柱纯化去除线性DNA,具体步骤是柱纯化去除基因组DNA、外切酶对柱纯化后产物进行酶消化、滚环扩增放大环状DNA信号以及建库测序。因此,相对于大量存在的基因组DNA,环状DNA在细胞中的含量非常少,所以从样品中提取总DNA后,第一步需要通过柱纯化去除基因组DNA,以免测序中基因组DNA占据大部分数据量。柱纯化这一步骤十分关键,既要大限度地去除基因组DNA,又需很大限度保留环状DNA分子,尤其是避免丢失掉超长和超短的环状DNA。云序生物采用A&ABiotechnology的纯化柱,是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱,并且云序生物是该品牌在国内的总代理。上海测序研究云序优势 适用于任何物种:可以检测几乎任何动植物的环状RNA。

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云序生物对ac4CRNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术,技术原理如下:将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。

案例2:cancer基因与邻近增强子的环化共扩增 原文:Morton AR, Dogan-Artun N, Faber ZJ, et al. Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell. 2019 Nov 27;179(6):1330-1341 期刊:Cell 影响因子:36.22 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了cancer基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件,研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征,EGFR基因案例表明tumour细胞中的cancer基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强,是一个十分有效的促cancer机制。总之,这项研究综合利用各项计算分析和实验手段,率先揭示了增强子在cancer基因环化扩增介导的促cancer效应中所发挥的重要作用,这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。云序生物对O8G RNA氧化化检测手段为O8G-IP-Seq技术。

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云序优势 单碱基分辨 m7G RNA甲基化单碱基测序方式,可对m7G甲基化修饰进行单碱基定位。 抗体富集效率高 m7G MeRIP测序方式,采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。 高通量检测 可对全转录组范围内的m7G位点进行高通量地平行检测。 全分子覆盖 可较全地对环状RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的m7G位点进行检测。 一站式服务 客户只需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析全套流程。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求云序生物拥有BD Rhapsody™单细胞免疫组测序平台。服务测序pri-miRNA

云序生物针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术。山西上海云序生物测序

云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务,低需1ng ctDNA既可进行测序。客户只需提供血浆,血清或体液样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 云序生物率先推出两种ctDNA甲基化测序服务。(1)免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq):通过5mC抗体特异性抓取基因组上发生甲基化的ctDNA的片段,并结合高通量测序技术,高性价比检测ctDNA甲基区域;(2)单碱基测序(Bis-Seq):采用经典重亚硫 酸盐处理的方式,未发生甲基化的C碱基会转换成U,发生甲基化的C碱基还是C,并结合高通量测序技术,可对ctDNA甲基化进行单碱基精确定位。山西上海云序生物测序

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