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案例1:哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱 期刊:Molecular Cell 影响因子:14.25 由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA,为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况,何川团队利用m7G自带正电荷的特征,开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点,并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征,同时还发现METTL1是一种甲基转移酶,它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰,并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化。上海甲基化利器

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m6A是真核生物中较常见的RNA修饰,被认为是一种新的表观遗传标记,参与多种生物过程。m6A调控几种主要人类病毒性疾病的模式和功能已经有报道。然而,m6A在植物病害暴发中的分布模式和作用尚不清楚。在此,作者分析了两种破坏性的病毒感ran水稻植株中的m6A修饰情况。发现m6A甲基化主要与病毒gan染水稻植株中表达不活跃的基因有关。作者还检测到同一基因上不同的m6A峰分布,这可能是水稻条纹病毒和水稻黑条纹矮病毒感ran之间存在不同抗病毒模式的原因。有趣的是,病毒感ran后水稻m6A甲基化水平增加。江西甲基化表达近两年高影响因子文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。

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案例2:m5CRNA甲基化基因组分布图谱原文:Distinct5-methylcytosineprofilesinpoly(A)RNAfrommouseembryonicstemcellsandbrain期刊:GenomeBiology影响因子:13.21近期刊登了解析RNAm5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用m5CRNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS,5’-UTR,3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNAm5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。

Nature | miR-1的位置特异性氧化导致心脏肥大 发表时间:2020年8月5日 影响因子:42.778 Nature上发表的来自韩国高丽大学Sung Wook团队的一篇研究在氧化还原相关疾病心肌肥大的大鼠模型中对氧化的miRNA进行了特异性测序研究。 作者在氧化还原相关疾病心肌肥大的大鼠模型中对氧化的microRNA(miRNA)进行了特异性测序。结果发现8-氧代鸟嘌呤2(o8G)修饰是选择性地在miRNA的特殊区域(位置2-8)产生的,并通过o8G-A碱基互补配对来调节其他mRNA。用肾上腺素能激动剂医治后主要在miR-1(7o8G-miR-1)的第7位诱导了o8G氧化修饰。单独引入的7o8G-miR-1或7U-miR-1(其中7位的G被U取代)足以引起小鼠心脏肥大,o8G-miR-1的mRNA靶基因在受影响的表型中起作用,反之对小鼠心肌细胞7o8G-miR-1的特异性抑制可减轻心脏肥大。o8G-miR-1也与心肌病患者有关。本研究表明miRNA的位置特异性氧化可以作为表观转录机制来协调病理生理学氧化还原介导的基因表达,为研究氧化修饰在病理生理学中的作用提供了新的思路。而随后Cell Research也发表文章,证实环状RNA也会被m6A甲基化修饰。

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案例1:m5CRNA甲基化调控mRNA出核新机制原文:5-methylcytosinepromotesmRNAexport—NSUN2asthemethyltransferaseandALYREFasanm5Creader期刊:CellResearch影响因子:15.60中科院汪海林等研究团队揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNAm5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术,以此揭示mRNAm5C的分布规律,并绘制了精细的m5C修饰图谱,发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有明显富集,并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织,发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守,而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现,在小鼠睾丸发育过程中,动态的m5C修饰基因明显富集于精子发育相关功能,提示m5C修饰参与生殖发育调控。核糖RNA在2’位置上发生甲基化的化学修饰。江西超微量RNA甲基化

科学家们发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A。上海甲基化利器

云序优势单碱基分辨m7GRNA甲基化单碱基测序方式,可对m7G甲基化修饰进行单碱基定位。抗体富集效率高m7GMeRIP测序方式,采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。高通量检测可对全转录组范围内的m7G位点进行高通量地平行检测。全分子覆盖地对环状RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的m7G位点进行检测。一站式服务客户需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析流程。专业的生物信息学分析专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求上海甲基化利器

上海云序生物科技有限公司一直专注于上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。,是一家商务服务的企业,拥有自己**的技术体系。目前我公司在职员工以90后为主,是一个有活力有能力有创新精神的团队。公司业务范围主要包括:RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等。公司奉行顾客至上、质量为本的经营宗旨,深受客户好评。一直以来公司坚持以客户为中心、RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体市场为导向,重信誉,保质量,想客户之所想,急用户之所急,全力以赴满足客户的一切需要。

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