天津甲基化分析

原文：METTL4catalyzesm6AmmethylationinU2snRNAtoregulatepre-mRNAsplicing期刊：NecleicAcidsResearch影响因子：16.48新加坡南洋理工大学的研究人员通过人类全转录组RNA甲基化测序，在Mettl4敲除组与野生型对照组之间寻找出m6Am相对甲基化水平的差异位点，其中U2snRNA的第30位RNA残基有明显的m6Am修饰水平差异。进一步的FLAG-tag融合蛋白实验证明，METTL4蛋白直接催化了U2snRNA上的m6Am甲基化修饰的发生。METTL4过表达实验发现，其催化的RNA内部m6Am修饰位点具有HMAGKD的序列motif特征（H=A/C/U,M=A/C,K=G/U,D=A/G/U）。在Mettl4敲除的人类细胞中，因为U2snRNA无法完成m6Am修饰，故而对snRNA的pre-mRNA剪接功能产生了诸多影响。将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育。天津甲基化分析

目前还没有一种完善的方法可以在单碱基分辨率下对每个转录本进行m6A的鉴定，这对评估m6A丰度是必要的。作者开发了一种新的方法，称为Nanom6A，用于在单碱基分辨率下鉴定和定量m6A修饰，使用基于XGBoost模型的纳米孔直接RNA测序。并使用MeRIP-Seq和m6A-REF-seq验证了此方法，证实了较高的准确性。利用这种方法，作者进行了毛果杨茎分化木质部中转录组范围的m6A修饰定量分析，揭示了不同的可变聚腺苷酸化(APA)量会导致不同的m6A修饰比例。浙江甲基化芯片m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下，使RNA鸟嘌呤（G）的第七位N上加上甲基的一种修饰。

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案例3：拟南芥m5CRNA甲基化谱及TRM4B酶对根的影响原文：Transcriptome-WideMappingofRNA5-MethylcytosineinArabidopsismRNAsandNoncodingRNAs期刊：ThePlantCell影响因子：8.23与上篇不同，本研究团队采用m5CRNA甲基化测序研究拟南芥中m5C甲基化谱，在种子，幼芽，根中发现了1000多个特异性的位点。敲低RNAm5C甲基转移酶TRM4B，造成tRNA稳定性的降低。研究人员还证实TRM4B突变体的初级根比野生型更短，同时对氧化的应激反应更敏感。ctDNA 的甲基化检测，同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势。

m6A是真核生物中较常见的RNA修饰，被认为是一种新的表观遗传标记，参与多种生物过程。m6A调控几种主要人类病毒性疾病的模式和功能已经有报道。然而，m6A在植物病害暴发中的分布模式和作用尚不清楚。在此，作者分析了两种破坏性的病毒感ran水稻植株中的m6A修饰情况。发现m6A甲基化主要与病毒gan染水稻植株中表达不活跃的基因有关。作者还检测到同一基因上不同的m6A峰分布，这可能是水稻条纹病毒和水稻黑条纹矮病毒感ran之间存在不同抗病毒模式的原因。有趣的是，病毒感ran后水稻m6A甲基化水平增加。RNA去甲基化可以提高水稻和马铃薯植株的产量和生物量。海南tRNA甲基化

ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域。天津甲基化分析

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