北京m7G环状DNA测序

研究思路：本文首先基于高通量手段比较了小鼠中LT-HSC，ST-HSC和MPPs中全转录组变化，共发现156种明显性差异表达的circRNAs。表达量验证证实9个circRNA在LT-HSC中明显性上调。在细胞表型层面，发现只有干扰D430042O09Rik转录的circRNA——Cia-cGAS后，可明显改变造血干细胞的亚群分布，作者因此锚定Cia-cGAS进行机制分析。作者通过Cas-9基因敲除策略成功构建了Cia-cGAS基因敲除小鼠，在Cia-cGAS基因敲除小鼠中LT-HSC明显性减少，I型IFN表达升高。通过RNAPull-down实验，作者发现Cia-cGAS可以与cGAS结合，cGAS-RIP实验反向证实二者之间具有直接的相互作用。后续，作者通过生信预测结合EMSA实验分析了Cia-cGAS与cGAS相互作用的位点信息。酶学研究证明，Cia-cGAS可通过结合cGAS并抑制其活性。环状RNA可直接与蛋白质结合。北京m7G环状DNA测序

环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转录前、后及翻译水平严格调控细胞生殖生长等过程。云序曾对环状RNA经典研究思路进行过详细解析（2018国自然研究热点一环状RNA研究深度剖析），感兴趣的老师可以查询浏览。宁夏环状分析circRNA可作为RBP海绵，即MBL与cirMbl的直接相互作用。

研究三：环状RNA分子功能机制 在确定Cia-cGAS具有明显细胞表型之后，作者围绕其分子机制展开了详细的探索。为了找到Cia-cGAS影响下游的靶基因，作者在敲除Cia-cGAS后进行转录组分析，发现差异表达的基因与IFN-α下游靶基因是一致的。且当Cia-cGAS敲除后I型IFN mRNAs 表达量也明显增高。结果，作者证实cia-cGAS通过调控I型IFN通路影响LT-HSC静息状态。接下来，作者针对Cia-cGAS在该通路中的作用机理进行了详细解析。作者直接采用RNA Pull Down技术手段找到与Cia-cGAS相互作用的功能蛋白。基于这一技术手段，作者发现Cia-cGAS与cGAS蛋白具有明显相互作用。cGAS RIP实验反向证实二者之间具有真实的相互作用。免疫荧光及FISH实验证实Cia-cGAS及cGAS细胞内共定位表达。基于EMSA等技术手段，作者找到了二者相互作用位点。后续作者补充大量生理生化实验，结果揭示LT-HSC中Cia-cGAS结合并抑制cGAS的活性，结果通过拮抗cGAS催化产物I型IFN来维持HSCs静息状态。

云序优势适用于任何物种：可以检测几乎所有动植物的环状RNA。适用于降解样品：可以检测部分降解的样品的环状RNA。有效数据量高：通过商业化kit富集环状RNA，极大地提高了有效数据比例。性价比高：能够用较低的成本检测更多的环状RNA。一站式服务：客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。专业化的生物信息学分析：云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。circRNA可以与RNA结合蛋白相互结合影响亲本基因mRNA的表达。

2020年6月18日云序用户山大二院在Frontiers in Oncology (IF=4.85)上发表了一篇题目RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer的文章，该文章通过运用了云序生物外泌体全转录组测序探究了环状RNA作为结肠ai分子标志物的可能性。 结肠ai（CRC）是第三大常见恶性tumour，早期CRC患者存活率远高于晚期患者，tumour的早期诊断对改善预后至关重要。近年来有许多研究发现，外泌体作为普遍存在于体液中的一种微囊泡，含有大量DNA、RNA和蛋白等分子，可以反应他们来源细胞的信息。许多ai细胞来源的外泌体内的分子具有成为cancer分子标志物的潜力。这其中，环状RNA由于其稳定性高，被作为多种cancer的分子标志物研究过。在这篇文章中，作者通过对50个患者和50和健康人血清中外泌体环状RNA的研究，提出了其中circ-PNN作为CRC诊断分子标志物的可能。上海环状RNA哪家做得好，还是松江区的云序生物比较好。河北m1A环状测序

同一基因位置可以产生不同类型的环状RNA。北京m7G环状DNA测序

作为一种广fan存在于各类真核生物中的新型非编码RNA，环状RNA逐渐成为了当下热门的明星分子。由于环状RNA的研究刚刚起步，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限。因此，对新物种中环状RNA表达谱进行系统性研究就成为了发表SCI文章的一条捷径。云序生物客户发表的这项成果是全世界di一篇对非洲爪蟾环状RNA进行系统性研究的文章，也为广大研究人员提供了一个非常好的模板，即：如何通过环状RNA高通量测序和生物信息学分析，在不进行功能和分子机制研究的情况下，短平快的发表一篇影响因子不错的文章，非常具有借鉴意义。北京m7G环状DNA测序

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