黑龙江环状RNA研究

中国医学科学院放射医学研究所刘强团队利用云序生物提供的全转录组测序服务成功揭示了circRNAs在小鼠空肠辐射后表达的变化，为研究circRNAs在辐射致肠损伤中的作用提供了靶分子。高质量的测序技术对每一个环状的表达都做到准确检测，生信分析可视化从宏观角度（染色体分布、成环位置）给出了所有对于放射处理后在小鼠空肠组织当中环状RNA分子的表达情况。筛选差异表达的环状RNA进行环状RNA定量PCR验证，GO分析揭示包括结合、催化、细胞因子和细胞分泌等GO条目均发生富集。KEGG分析预测结果显示差异环状RNA的靶基因与MAPK信号通路相关，理论与预测完全相符。海绵机制预测ceRNA网络图，按照海绵机制的反式调控方式，该网络中包括42个上调和48个下调的环状RNA分子，以及预测相互结合的22个靶基因mRNA。circRNA分子呈封闭环状结构，不易被核酸外切酶RNaseR降解，比线性RNA更稳定。黑龙江环状RNA研究

自2013年的两篇在Nature期刊上对于环状机制研究成果问世以来，对于环状RNA的关注达到了空前的地步，迅速成为RNA领域火热的明星分子之一。环状RNA相比于线性结构的mRNA分子，具有更稳定的环状封闭结构，因此在循环体系中环状的表达量更稳定。多篇文章已报道环状RNA可行使“microRNA海绵机制”，通过竞争性的结合miRNA间接影响mRNA，在多种疾病的发生和发展中起到了重要的调控作用。环状RNA的研究从传统的“海绵机制”逐步发展多元化，更多的呈现出功能的多样性，如结合功能蛋白、编码蛋白潜能、影响可变剪切、受甲基化调控等。无处不在的功能覆盖让环状研究备受亲睐。新年伊始，云序生物公众号将为大家优中评优，悉数云序客户部分的环状RNA研究成果天津环状DNA测序上海环状RNA哪家做得好，还是松江区的云序生物比较好。

研究背景：利用高通量测序手段，研究者们在拟南芥、小鼠、果蝇和人体内都发现了环状RNA的高度表达，证明了环状RNA在不同物种中存在。目前，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限，环状RNA数据库circBase中已收录的物种有7个。作为一种重要的模式生物，非洲爪蟾的环状RNA尚未见报道。本文通过云序生物提供的一站式环状RNA测序、环状RNA定量PCR、环状RNA的RNaseR耐受性实验和生物信息学服务于全世界进行了非洲爪蟾环状RNA表达谱的构建，为后续研究脊椎动物环状RNA的生物学功能奠定了基础，非常具有借鉴意义。

1.环状RNA为什么火？它到底是何方神圣？2013年两篇Nature[1][2]文章的出世，彻底颠覆了我们对RNA的传统认知，同时也迅速轰动了整个生物医学界！经过严格统计汇总后，2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项，其中有两项杰出青年基金，一项youxiu青年基金，两项重点项目，94项面上项目，62项青年基金项目，15项地区科学基金项目。比如中医学和药理学方向，相信未来其他类型的tumour和学科方向必定会争取更多的环状RNA课题资助。与此同时，生命科学方向环状RNA研究显得略微低调些，环状RNA可直接与蛋白质结合。

研究三：环状RNA分子功能机制 在确定Cia-cGAS具有明显细胞表型之后，作者围绕其分子机制展开了详细的探索。为了找到Cia-cGAS影响下游的靶基因，作者在敲除Cia-cGAS后进行转录组分析，发现差异表达的基因与IFN-α下游靶基因是一致的。且当Cia-cGAS敲除后I型IFN mRNAs 表达量也明显增高。结果，作者证实cia-cGAS通过调控I型IFN通路影响LT-HSC静息状态。接下来，作者针对Cia-cGAS在该通路中的作用机理进行了详细解析。作者直接采用RNA Pull Down技术手段找到与Cia-cGAS相互作用的功能蛋白。基于这一技术手段，作者发现Cia-cGAS与cGAS蛋白具有明显相互作用。cGAS RIP实验反向证实二者之间具有真实的相互作用。免疫荧光及FISH实验证实Cia-cGAS及cGAS细胞内共定位表达。基于EMSA等技术手段，作者找到了二者相互作用位点。后续作者补充大量生理生化实验，结果揭示LT-HSC中Cia-cGAS结合并抑制cGAS的活性，结果通过拮抗cGAS催化产物I型IFN来维持HSCs静息状态。circRNA主要由外显子构成，少部分由内含子环化形成。中国香港环状分析

环状RNA可通过RNA介导间接与蛋白质发生关联。黑龙江环状RNA研究

研究背景：造血干细胞（HSC）自我更新和分化之间的平衡打破将导致骨髓衰竭及恶性血液tumour发生。然而，HSCs如何维持其静止状态并避免I型干扰素（IFN）介导能量耗竭、细胞凋亡仍未可知。本文一种名为cia-cGAS的环状RNA，它在长效（LT）-HSCs细胞核中高度表达。小鼠Cia-cGAS缺陷将导致I型IFN在骨髓中高表达并伴随静息LT-HSC数量明显减少。在稳态条件下，cia-cGAS在细胞核中通过结合DNA传感器cGAS以阻断其合酶活性，由此保护静息LT-HSC免于被cGAS介导耗尽凋亡。此外，cia-cGAS与线性cGAS相比，与cGAS结合亲和力更强，由此抑制cGAS介导LT-HSCs中I型IFN产生。本文揭示了一个新型环状RNA——cia-cGAS可结合DNA敏感的cGAMP合酶cGAS并抑制其活性，调控长效造血干细胞（LT-HSC）静息状态。黑龙江环状RNA研究

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