天津测序环状

作为一种普遍存在于各类真核生物中的新型非编码RNA，环状RNA逐渐成为了当下热门的明星分子。由于环状RNA研究刚刚起步，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限。因此，对新物种的环状RNA表达谱进行系统性研究就成为了发表SCI文章的一条捷径。云序生物客户发表的这项成果是全世界first篇对小麦环状RNA进行系统性研究的文章，也为广大研究人员提供了一个非常好的模板，即：如何简单地通过环状RNA测序，环状RNA定量PCR和生物信息学分析，在不进行功能和分子机制研究的情况下，短平快的发表一篇影响因子不错的文章，非常具有借鉴意义。环状RNA哪家做得好，还是上海松江区的云序生物比较好。天津测序环状

技术简介 环状RNA(circular RNA，circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子，其在真核细胞中的大量存在颠覆了传统的线性RNA观点，成为近两年来RNA领域中迅速升起的一颗新星。环状RNA的表达具有组织和疾病特异性，与组织发育、疾病的发生 和发展密切相关。此外，环状RNA不易降解，能在血浆、唾液等体液中稳定存在，可以作为新型疾病分子标志物。当前，科研人员对这一功能性分子仍知之甚少，可见对其展开深入的研究势在必行，一场科研的竞赛已悄然开始! 云序生物提供的环状RNA测序服务，采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit，去除样本中的线性mRNA和rRNA，保留纯化后的环状RNA，因此测序获得的环状RNA有效数据量是其他测序服务供应商远远无法企及的，帮助客户以较低的成本检测到更多的环状RNA。此外，Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆盖几乎全部已知物种，对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠、大鼠等常见物种。宁夏环状lncRNA测序与mRNA相比，m6A甲基化修饰在环状RNA上更普遍。

研究三：环状RNA分子功能机制 在确定Cia-cGAS具有明显细胞表型之后，作者围绕其分子机制展开了详细的探索。为了找到Cia-cGAS影响下游的靶基因，作者在敲除Cia-cGAS后进行转录组分析，发现差异表达的基因与IFN-α下游靶基因是一致的。且当Cia-cGAS敲除后I型IFN mRNAs 表达量也明显增高。结果，作者证实cia-cGAS通过调控I型IFN通路影响LT-HSC静息状态。接下来，作者针对Cia-cGAS在该通路中的作用机理进行了详细解析。作者直接采用RNA Pull Down技术手段找到与Cia-cGAS相互作用的功能蛋白。基于这一技术手段，作者发现Cia-cGAS与cGAS蛋白具有明显相互作用。cGAS RIP实验反向证实二者之间具有真实的相互作用。免疫荧光及FISH实验证实Cia-cGAS及cGAS细胞内共定位表达。基于EMSA等技术手段，作者找到了二者相互作用位点。后续作者补充大量生理生化实验，结果揭示LT-HSC中Cia-cGAS结合并抑制cGAS的活性，结果通过拮抗cGAS催化产物I型IFN来维持HSCs静息状态。

人、大鼠、小鼠来源的环状研究已经取得了一定进展，农学背景的云序客户也在自己擅长的生物标本中进行了环状RNA研究，证明了环状在多个物种当中都起到了重要的生物学作用。河南农业大学研究团队出环状分子可以调控小麦在环境压力下对光合作用、卟啉、叶绿素代谢、氧化磷酸化以及氨基酸的生物合成等方面起到应答性的调控作用，天津医科大研究团队在快速心房起搏（rapid atrial pacing，RAP）犬模型的心房组织中探寻circRNA-miRNA网络，预测环状分子在离子通道活性和细胞骨架结构成分中起重要作用。莠去津（Atrazine, AZ）是一种环境内分泌干扰物，可以影响两栖动物发育过程。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。类似的，其他云序客户发表文章中还关注到了斑马鱼、鸡等其他物种当中环状RNA的重要生物学作用。2006年在果蝇中发现来自于Muscleblind的未知环状转录本。

研究二：环状RNA分子细胞表型 作者发现Cia-cGAS是由D430042O09Rik的4、5、6号外显子连接成环。且位于外显子上下游的内含子区域具有成环所需高度同源序列。作者通过Cas9技术手段，敲除一端同源序列后，成功获得Cia-cGAS 敲除小鼠模型。敲除小鼠中LSK祖细胞明显增多，LT-HSC明显减少，且基因敲除小鼠出生6个月后会死于贫血。对基因敲除小鼠中LT-HSC进行BrdU染色，结果说明敲除小鼠中LT-HSC细胞处于增殖分裂活跃期。同时脉冲标记H2B-GFP小鼠模型证实Cia-cGAS敲除后，静息状态的LT-HSC细胞比例明显降低。种类繁多，而且有些circRNA高于其相应的线性RNA10倍之多。云序生物环状测序

云序优势：一站式服务，优化的实验流程，严格的质控，专业的生物信息学分析。天津测序环状

河南农业大学的研究团队利用云序生物提供的环状RNA测序服务，在小麦幼苗叶片中鉴定出大约88个环状RNA分子，而在脱水胁迫幼苗中有62个环状RNA分子存在差异表达。在脱水反应的环状RNA分子中，有6个在小麦中作为26个相应的miRNA的海绵。利用qPCR验证16个环状RNA，包括6个miRNA海绵和10个随机选择的环状RNA, 其中14个环状RNA与测序结果趋势一致，反应测序数据的真实性可靠性。GO分析和KEGG分析揭示circRNAs潜在的生物学功能，例如所涉及的参与脱水反应过程，如光合作用，叶绿素代谢，氧化磷酸化，氨基酸生物合成、代谢以及植物激su信号转导和生长素生物合成等。并且揭示了环状RNA与小麦叶片脱水抗性相关功能基因表达之间关系。天津测序环状

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