广西ac4c环状RNA研究

样本要求 样品类型： 组织、细胞、体液或总RNA样品。其它类型样品请详询。 样品量： a)细胞：2×106 b)组织：50 mg c)体液：全血、血清、血浆 2-3 ml 脑脊液：5 ml 尿液：50 ml d)总RNA：2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5 无明显降解，电泳检测样品特征性条带完整清晰，无明显弥散或拖尾 ) 样品运输及保存： 样品运输：样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。环状 RNA 可以起到 microRNA 海绵的作用。广西ac4c环状RNA研究

1.环状RNA为什么火？它到底是何方神圣？ 2013年两篇Nature[1][2]文章的出世，彻底颠覆了我们对RNA的传统认知，同时也迅速轰动了整个生物医学界！经过严格统计汇总后，2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项，其中有两项杰出青年基金，一项youxiu青年基金，两项重点项目，94项面上项目，62项青年基金项目，15项地区科学基金项目。比如中医学和药理学方向，相信未来其他类型的tumour和学科方向必定会争取更多的环状RNA课题资助。与此同时，生命科学方向环状RNA研究显得略微低调些，中国台湾环状分析与mRNA相比，m6A甲基化修饰在环状RNA上更普遍。

研究思路： 本文首先基于高通量手段比较了小鼠中LT-HSC，ST-HSC和MPPs中全转录组变化，共发现156种明显性差异表达的circRNAs。表达量验证证实9个circRNA在LT-HSC中明显性上调。在细胞表型层面，发现只有干扰D430042O09Rik转录的circRNA——Cia-cGAS后，可明显改变造血干细胞的亚群分布，作者因此锚定Cia-cGAS进行机制分析。作者通过Cas-9基因敲除策略成功构建了Cia-cGAS基因敲除小鼠，在Cia-cGAS基因敲除小鼠中LT-HSC明显性减少，I型IFN表达升高。通过RNA Pull-down实验，作者发现Cia-cGAS可以与cGAS结合，cGAS-RIP实验反向证实二者之间具有直接的相互作用。后续，作者通过生信预测结合EMSA实验分析了Cia-cGAS与cGAS相互作用的位点信息。酶学研究证明，Cia-cGAS可通过结合cGAS并抑制其活性。

研究二：环状RNA分子细胞表型 作者发现Cia-cGAS是由D430042O09Rik的4、5、6号外显子连接成环。且位于外显子上下游的内含子区域具有成环所需高度同源序列。作者通过Cas9技术手段，敲除一端同源序列后，成功获得Cia-cGAS 敲除小鼠模型。敲除小鼠中LSK祖细胞明显增多，LT-HSC明显减少，且基因敲除小鼠出生6个月后会死于贫血。对基因敲除小鼠中LT-HSC进行BrdU染色，结果说明敲除小鼠中LT-HSC细胞处于增殖分裂活跃期。同时脉冲标记H2B-GFP小鼠模型证实Cia-cGAS敲除后，静息状态的LT-HSC细胞比例明显降低。CircRNA被报道与人类多种疾病相关。

中国医学科学院放射医学研究所刘强团队利用云序生物提供的全转录组测序服务成功揭示了circRNAs在小鼠空肠辐射后表达的变化，为研究circRNAs在辐射致肠损伤中的作用提供了靶分子。高质量的测序技术对每一个环状的表达都做到准确检测，生信分析可视化从宏观角度（染色体分布、成环位置）给出了所有对于放射处理后在小鼠空肠组织当中环状RNA分子的表达情况。筛选差异表达的环状RNA进行环状RNA定量PCR验证，GO分析揭示包括结合、催化、细胞因子和细胞分泌等GO条目均发生富集。KEGG分析预测结果显示差异环状RNA的靶基因与MAPK信号通路相关，理论与预测完全相符。海绵机制预测ceRNA网络图，按照海绵机制的反式调控方式，该网络中包括42个上调和48个下调的环状RNA分子，以及预测相互结合的22个靶基因mRNA。环状RNA哪家做得好，还是上海松江区的云序生物比较好。m7G环状RNA实时定量PCR

环状RNA可直接与蛋白质结合。广西ac4c环状RNA研究

莠去津（Atrazine, AZ）是一种影响两栖动物发育的环境内分泌干扰物质。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。非洲爪蟾睾丸组织云序生物全转录组测序，进行环状RNA筛选验证，生信预测发现部分差异明显的环状RNA在miRNA海绵中发挥作用。本研究证明AZ可以通过调节非洲爪蟾睾丸功能基因的表达来改变环状RNA，而环状RNA在发育中的雄性非洲爪蟾的AZ诱导睾丸变性中发挥作用。广西ac4c环状RNA研究

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