单细胞空间转录组数据分析可视化平台 目前， 8种空间转录组技术，这些数据来自5个物种，包括人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆虫线和斑马鱼。研究团队针对这些数据集进行了整合中统计描述的转录组技术研究团队从论文中提取了每种技术的简要说明和示意图，并研读了每个数据集的原始论文，提取相应的元数据，包括出版信息、数据描述、实验设计、样本和数据可用性等。单细胞空间转录组于数据集中来自不同组织、处理方法的样本或生物技术复制品，研究团队将其手动划分为305个子数据集。所有收集的数据集和研究结果均有文章发表。可用于可视化和比较空间分辨下的转录组数据。该数据库提供的空间差异表达基因及丰富的功能注释，有助于进一步数据分析。组织细胞的空间结构提供了一个资源库，并为了解疾病中的细胞微环境带来新的见解。目前，空间转录组可从获得，无需注册或登录。人类细胞图谱计划的主要目标之一是表征所有细胞类型的空间关系，同时基于表达特征在空间上映射多种细胞类型可能的相互作用。从实验到分析一站式掌握空间转录组流程及原理。重庆发展空间转录组
空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时，多角度测量转录组谱。然而，现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。来自美国的科研团队开发了BayesSpace，这是一种完全贝叶斯统计方法，它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。基准测试证明BayesSpace在识别具有相似表达谱的空间簇和提高空间转录组学分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空间信息进行表达数据聚类的挑战，又克服了目前空间转录组技术分辨率有限的问题。重庆发展空间转录组空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失。
10xVisium空间转录组技术原理为将新鲜冷冻的组织切片，置于文库制备载玻片上，经过固定、染色和透化后，释放出mRNA，mRNA与空间条形码捕获探针相结合，从而捕获基因表达信息。然后将捕获的mRNA合成cDNA并制备测序文库进行测序，并对数据进行可视化分析。空间转录组技术作为当今**前沿的科研技术，相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中，快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。
空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。
空间转录组组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息。
空间转录组技术包含两种芯片，分别为组织优化芯片（Tissue Optimization）和基因表达芯片（Library Preparation）。组织优化芯片用来摸索组织透化的比较好时间，基因表达芯片用来进行正式样本的空间转录组实验。其中基因表达芯片上有 4 个捕获区域，每个区域大小为 6.5mm×6.5mm，每个捕获区域中有 5000 个带有特异地址序列的探针簇，称为 barcoded spots，每个 spot 直径为 55um，包含数百万个用于捕获的 oligo 探针序列，相邻两个 spot 的中心距离为 100um。探针序列的结构为：测序引物结合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。空间转录组可以进行细胞间通讯分析，区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。重庆发展空间转录组
scRNA-seq 技术的进步启发了利用高分辨率转录组定量分析与空间转录组学数据的互补性质的新方法。重庆发展空间转录组
揭示了温度影响稻瘟病发生的分子机制。欧易生物在本研究中承担了空间转录组测序及分析工作。全球气温变暖对植物病害的发生有很大影响，可能导致其分布和流行发生变化。但对于温度如何调控植物病原***的致病力，宿主植物尤其是作物如何响应温度变化抵御病原***侵染的机理知之甚少。稻瘟病是由丝状子囊***Magnaportheoryzae侵染引起的，是水稻**严重的病害之一，植物*****病害**。多年田间调查表明，24-26°C及以下稻瘟病容易流行，但当温度达到28-30°C及以上时稻瘟病的发生***减少，但其分子机制尚不清楚。重庆发展空间转录组
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