人类细胞图谱项目的主要目标之一是描述所有细胞类型的空间关系。同时基于表达特征对多种细胞类型进行空间映射,有助于研究不同细胞类型之间的相互作用。已经发展了一些策略来检测单细胞分辨率的空间基因表达谱,如Slide-seq、seqFISH或MERFISH。为了更有效地为研究群体探索空间基因表达数据,我们构建了SpatialDB数据库用于空间解析的转录组。 人类细胞图谱项目极大地推动了单细胞水平的生命科学研究。空间转录组学技术的发展和空间基因表达数据的快速积累是未来的发展趋势。我们将继续收集新的技术和数据集来更新SpatialDB。此外,我们将整合更多的工具和数据源来分析数据. 除大脑以外的...
空间转录组的一般流程2。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。用我们的渗透试剂对组织进行渗透,这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞,并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此,基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的,因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外,这是构建可测序文库之前的必要步骤。所有之前收集的信息都被汇集起来,可以在线访问。这意味着在实践中,您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数...
空间转录组数据分析的重要是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类,然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上,同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后,首先利用Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和Barcode处理。另外一个软件Loupe Cell Browser是一个适用于Windows和MacOS的桌面应用程序,它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录...
1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。10X Genomics 继单细胞测序后也推出了空间转录组测序技术。贵州空间转录组领域空间转录组技术原...
空间转录组学(ST)是一种方法,允许在组织样本中可视化和定量分析转录组与空间分辨率。通过在载玻片上排列含有位置条形码的寡核苷酸的组织切片,该方法声称可以生成具有精确位置信息的高质量的RNA-seq cDNA文库。条形码芯片有1007个带有独特条形码序列的引物位点。每个位置都有一个直径100µm(对应于一个组织域)中心到中心的距离是200µm。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,在空间转录组样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。只听名字就想尝试,不清楚空间转录组的原理及通过该技术究竟能拿到什么结果。辽宁空间转录组是什么空间转录组数据分析...
单细胞空间转录组数据分析可视化平台 目前, 8种空间转录组技术,这些数据来自5个物种,包括人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆虫线和斑马鱼。研究团队针对这些数据集进行了整合中统计描述的转录组技术研究团队从论文中提取了每种技术的简要说明和示意图,并研读了每个数据集的原始论文,提取相应的元数据,包括出版信息、数据描述、实验设计、样本和数据可用性等。单细胞空间转录组于数据集中来自不同组织、处理方法的样本或生物技术复制品,研究团队将其手动划分为305个子数据集。所有收集的数据集和研究结果均有文章发表。可用于可视化和比较空间分辨下的转录组数据。该数据库提供的空间差异表达基因及丰富的功能注释,有助于进一步数据分析。...
转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取,目前已有多种技术策略被开发报道, 如空间转录组技术(Spatial Transcriptomics,ST)和 Visium 技术,通过将包含空间位置信息的条形码、UMI 标签、poly-dT 的探针固定在商用微阵列载玻片上,来捕获包含 poly(A) 尾巴的转录本,并获取全转录组水平的基因表达及位置信息。一些无需成像即可计算重建空间基因表达模式所需信息的技术也被开发了出来,其中之一就是是 DNA 显微技术,它记录 cDNA 之间的接近度,该信息可用于重建转录本之间的相对位置。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置转录信息...
空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时,多方位测量转录组谱。然而,现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。来自美国的科研团队开发了BayesSpace,这是一种完全贝叶斯统计方法,它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。BayeSpace通过使用的Bioconductor SingleCellExperiment数据结构将预处理数据作为输入,无缝集成到空间转录组分析工作流中,输出同样存储在SingleCellExperiment对象中,该对象可用于下游分析。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者...