甘肃m6A介绍

早在上世纪60年代，除了传统的ACGU四种碱基外，Cohn等人已经在RNA上发现了大量的碱基位点修饰。Holley等人于1965年，首ci在酵母的tRNA中鉴定了包括假尿苷（pseudouridine）在内的十余种不同的RNA修饰。已知绝大部分真核生物中，mRNA在5’ Cap处存在甲基化修饰，作用包括维持mRNA稳定性、mRNA前体剪切、多腺苷酸化、mRNA运输与翻译起始等。而3’ polyA发生的修饰有助于出核转运翻译起始以及与polyA结合蛋白一起维持mRNA的结构稳定。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。云序生物提供m6A一站式服务：m6A整体水平检测。甘肃m6A介绍

已知RNA存在超过100种修饰。在真核生物中，5’端的Cap以及3’的ployA修饰在转录调控中起到了十分重要的作用，而mRNA的内部修饰则用于维持mRNA的稳定性。mRNA较常见的内部修饰包括N6-腺苷酸甲基化（m6A）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）、胞嘧啶羟基化（m5C）等。对于大热的m6A，截至2017年，全球的科学家已经鉴定了参与m6A的许多酶，包括去甲基化酶、甲基化酶和甲基化识别酶等。芝加哥大学的何川教授对此贡献巨大。来自中科院北京基因组研究所的杨运桂研究员也是这方面的大牛。m6A介绍快速检测m6A整体甲基化水平。

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作者首先从 TCGA 的公开数据中发现，肺腺ai组织中的 FTO 表达水平低于邻近的正常组织，然后对 FTO 的 mRNA 进行 qPCR 实验，验证了这种表达差异的存在。免疫组化染色实验也证实 FTO 的的表达水平在肺腺ai组织中要低于邻近的正常组织。Kaplan-Meier 分析显示，低 FTO 表达水平的病患拥有较低的总生存率。 在人类肺腺ai细胞系中对 FTO 的 mRNA 的敲降实验发现，FTO 表达的降低可明显增强细胞的增殖以及非锚定依赖性生长（Anchorage-independed growth）的能力，细胞周期的速度也更快，细胞迁移和侵入性也更强。在体内实验方面，若将 FTO 敲降的细胞系注入无胸腺裸鼠的尾静脉内，相比于注入未敲降细胞的对照组，FTO 敲降的实验组中的tumour细胞有明显地向肺部转移。上述发现都指向一个结论：FTO 在肺腺ai细胞中的下调促进了tumour的生长和转移。m6A修饰的文献已达3000+篇。

既然 FTO 敲降所导致的 c-Myc 蛋白的表达水平上升并不是由 MYC mRNA 表达水平的变化造成的，那么造成这一现象的原因会是什么呢？会不会是 mRNA 翻译调控呢？YTHDF1 是一种典型的 RNA m6A 甲基化识别蛋白（也就是 m6A 的 “Reader”）。用 anti-YTHDF1 抗体进行 RIP 实验，发现 FTO 的敲降将会增强 YTHDF1 与 MYC mRNA 的结合。虽然敲降 YTHDF1 并没有影响 MYC mRNA 的表达水平，但却能降低 c-Myc 蛋白的表达水平。在上一段中发现的 FTO 的敲降所导致的 c-Myc 蛋白表达水平的上升，还会被 YTHDF1 的敲降所逆转，说明 YTHDF1 发挥功能的位置在 FTO 的下游和 c-Myc 的上游 。综上可知，FTO 表达下调所导致的 MYC mRNA 高水平 m6A 修饰，可被 YTHDF1 识别并结合，从而促进 MYC mRNA 翻译为 c-Myc 蛋白。国内较全的RNA修饰测序平台，提供m6A、m5C、m1A、m7G。和平区m6A分析

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肺腺ai细胞中的 FTO 的表达是因为什么原因而下调的呢？为了回答这个问题，作者用 PROMO 软件分析 FTO 基因的启动子序列，在其中找到了 3 个有可能是 TBE 元件（LEF/TCF-binding element）的区域。为了验证生信预测的真实性，作者又进行了了一系列分子生物学实验。首先，ChIP 实验证实了 TCF4 与 FTO 启动子的结合。另外，荧光素酶报告基因的结果显示，β-catenin 也可通过结合前述的 3 个 TBE 元件来抑制 FTO 启动子。因此，β-catenin/LEF/TCF 复合体被证明可以抑制 FTO 启动子的活性。人类肺腺ai细胞系经过 Wnt 处理后，FTO 的 mRNA 和蛋白表达水平均有所降低，并且这种现象可通过敲降 β-catenin 来逆转。综合前面的几个发现可以证明：Wnt 在信号通路的上游，通过诱导 β-catenin，使得β-catenin/LEF/TCF 复合体结合到 FTO 启动子上，终抑制了 FTO 的表达。甘肃m6A介绍

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