贵州文章 m6A

N6-methyladenosine也叫m6A，是一种广fan存在于mRNA上的碱基修饰行为，成为近几年大热的研究方向。但是早在50年前，人们已经在RNA中发现了多种碱基修饰现象。除了传统的ACGU四种碱基外，Cohn等人已经在RNA上发现了全新的碱基位点修饰。Holley等人于1965年，首ci在酵母的tRNA中鉴定了包括假尿苷（pseudouridine）在内的十余种不同的RNA修饰。当然起初这些碱基修饰大多发现于非编码RNA上如tRNA、rRNA等，后来人们发现mRNA中也存在大量的碱基修饰行为。已知tRNA上发生碱基修饰的比例较高，会有各种各样的碱基修饰行为。tRNA修饰有助于提高翻译效率，维持其三叶草折叠二级结构的稳定性。人类的核糖体RNA（rRNA）上有超过200个碱基修饰位点，而剪切体RNA（spliceosomal RNA）上也有超过50个碱基修饰位点。m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译。贵州文章 m6A

在本研究当中，作者发现： 肺腺ai组织当中，m6A 的去修饰化酶 FTO 的表达水平存在下调。 Wnt 信号诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域，通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录。 通过m6A MeRIP-seq发现FTO 的表达下调使得包含 MYC 在内的多种代谢相关基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高。 MYC mRNA 的 m6A 修饰可以募集 m6A 识别蛋白 YTHDF1 的结合，从而促进 c-Myc 蛋白的翻译表达，进而提升tumour细胞的糖酵解水平和细胞增殖能力，促进tumour发生。安徽服务m6A云序生物对m6A RNA-seq实验每一步骤均设有关键质控。

接下来这些已经发生m6A修饰的碱基，在FTO和ALKBH这两种酶的作用下发生去甲基化。其中FTO就是臭名昭著的Fat mass and obesity-associated protein，其详细的分子机制在2007年的小鼠模型上做过比较系统的研究。该酶与ALKBH5一起，使得RNA甲基化成为一种可逆的反应。 后来这些发生甲基化修饰的RNA碱基位点，需要特定的酶来识别。这时候就需要咱们的readers登场了。已知YTHDF家族包括YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3以及酿酒酵母中的Mrb1基因、粟酒裂殖酵母中的Mmi1基因都是readers类蛋白。这些酶能够识别发生m6A甲基化的碱基，参与下游翻译、mRNA降解、加快mRNA出核速度等作用。如图4C中所示，YTHDF2参与mRNA降解过程。

举例来说，潜在的m6A结合蛋白ELAV1 / HuR能够结合ARE区并稳定相应的转录物。对照和METTL3敲低细胞中差异mRNA表达水平的分析表明m6A稳定mRNA。甲基化的失去降低含有m6A4的转录本的表达水平。这种效应对于在内含子中含有m6A的mRNA是较突出的。这些数据的一个可能的解释是m6A是正确剪接mRNA所需要的，当被破坏时导致剪接受损和随后的mRNA降解。m6A对mRNA稳定性的影响可能是基因特异性的，因此全局RNA稳定性的显着变化不太可能发生。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。m6A  LncRNA测序（涵盖LncRNA和mRNA）。

mRNA降解的调节是影响总体细胞mRNA丰度的主要因素。由于在poly（A）尾部中未检测到m6A，因此它可能不涉及聚腺苷酸化依赖性的mRNA降解。 Camper SA等人已经通过用STH处理he心La细胞来检查对mRNA稳定性的影响发现，尽管在高达500μMSTH的存在下m6A抑制几乎完全，但mRNA稳定性没有受到很大的影响。然而，如通过高通量测序分析所鉴定的，m6A富集在3’UTR区域中,3’UTR包含mRNA降解所需的几个重要功能域，如富含AU的元件（ARE），铁反应元件（IRE）和细胞质聚腺苷酸化元件（CPE）。同时，3’UTR是microRNA（miRNA）靶向的区域因此不能排除m6A参与调控mRNA稳定性的可能性.m6A 全转录组测序,m6A LncRNA测序。辽宁文章 m6A

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思路2 研究甲基化修饰差异基因 第一步：直接进行m6A-seq和转录组测序，找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、 WB等⽅法验证，此外找到m6A有差异的基因； 第二步：对甲基化酶进行敲低和过表达，检测RNA整体的m6A水平，之后可进行转录组或小RNA测序等方法检验甲基化酶敲低和过表达对mRNA或miRNA整体的影响，并着重研究第⼀步中感兴趣的m6A有差异的靶基因； 第三步：对靶基因进行敲低或过表达，是否能够对甲基化酶异常表达后的表型进⾏恢复； 第四步：对靶基因上motif进行点突变后进⼀步确认直接受到甲基化酶调控； 第五步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。 当然根据不同的研究目的还有许多其他的研究思路，可根据自身实验设计进行延申和拓展。m6A相关SCI论文根据不同实验手段IF2~20不等，实验手段：m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、小RNA 测序/小RNA芯片、qPCR、 WB、敲降/过表达、靶基因验证、动物实验、临床实验/药物实验等。贵州文章 m6A

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