河北m6A介绍

目前科学家已经在RNA中鉴定了超过100种不同类型的碱基修饰行为。在真核生物中，5’端的Cap以及3’的ployA修饰在转录调控中起到了十分重要的作用，而mRNA的内部修饰则用于维持mRNA的稳定性。mRNA较常见的内部修饰包括了N6-腺苷酸甲基化（m6A）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）、胞嘧啶羟基化（m5C）等。对于大热的m6A，截止当前，全球的科学家已经鉴定了参与m6A的许多酶，包括去甲基化酶、甲基化酶和甲基化识别酶等（将在下期进行详细介绍）。m6A除了分布在 mRNA 中，也出现在很多非编码 RNA中。河北m6A介绍

N6-methyladenosine也叫m6A，是一种广fan存在于mRNA上的碱基修饰行为，成为近几年大热的研究方向。但是早在50年前，人们已经在RNA中发现了多种碱基修饰现象。除了传统的ACGU四种碱基外，Cohn等人已经在RNA上发现了全新的碱基位点修饰。Holley等人于1965年，首ci在酵母的tRNA中鉴定了包括假尿苷（pseudouridine）在内的十余种不同的RNA修饰。当然起初这些碱基修饰大多发现于非编码RNA上如tRNA、rRNA等，后来人们发现mRNA中也存在大量的碱基修饰行为。已知tRNA上发生碱基修饰的比例较高，会有各种各样的碱基修饰行为。tRNA修饰有助于提高翻译效率，维持其三叶草折叠二级结构的稳定性。人类的核糖体RNA（rRNA）上有超过200个碱基修饰位点，而剪切体RNA（spliceosomal RNA）上也有超过50个碱基修饰位点。昌平区分析m6Am6A甲基化修饰对神经退行性疾病的重大发现。

那么，c-Myc 蛋白的表达水平又是如何受到调控的呢？作者设计了荧光素酶报告基因，将荧光素酶报告基因插入 MYC 的 mRNA 中，并将实验组的 mRNA 3’ 端的 m6A 突变为其它碱基，对照组的 MYC mRNA 则不做任何碱基修饰。结果发现，FTO 敲降后，对照组的 MYC mRNA 表达了大量荧光素酶，但经过碱基突变而不再具有 m6A 的实验组则没有荧光素酶信号，说明 MYC 的 mRNA 3’ 端的 m6A 对于蛋白的成功翻译不可或缺。相反地，如果过表达 FTO，那么肺腺ai细胞系的 c-Myc 蛋白的表达量会下降。但是，无论是 FTO 敲降还是过表达，MYC 的 mRNA 水平都没有改变。综上可知，c-Myc 蛋白表达量的变化，与 MYC mRNA 的 m6A 修饰水平正相关，而与 MYC mRNA 的表达水平无关。

思路2 研究甲基化修饰差异基因 第一步：直接进行m6A-seq和转录组测序，找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、 WB等⽅法验证，此外找到m6A有差异的基因； 第二步：对甲基化酶进行敲低和过表达，检测RNA整体的m6A水平，之后可进行转录组或小RNA测序等方法检验甲基化酶敲低和过表达对mRNA或miRNA整体的影响，并着重研究第⼀步中感兴趣的m6A有差异的靶基因； 第三步：对靶基因进行敲低或过表达，是否能够对甲基化酶异常表达后的表型进⾏恢复； 第四步：对靶基因上motif进行点突变后进⼀步确认直接受到甲基化酶调控； 第五步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。 当然根据不同的研究目的还有许多其他的研究思路，可根据自身实验设计进行延申和拓展。m6A相关SCI论文根据不同实验手段IF2~20不等，实验手段：m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、小RNA 测序/小RNA芯片、qPCR、 WB、敲降/过表达、靶基因验证、动物实验、临床实验/药物实验等。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序。

mRNA前体的剪接是基因表达中的重要步骤，它涉及内含子的精确切除和核中初级转录本外显子的连接以产生成熟的mRNA。很早提出的m6A的作用之一是作为RNA剪接的调节剂，目前已有许多证据支持m6A与RNA剪接的相关性，尽管确切的机制尚不清楚。例如，在经环亮氨酸处理的禽肉瘤病毒感ran的细胞中，存在mRNA前体的明显累积，而成熟mRNA的减少；从METTL3敲低的he心pG2细胞的m6A-IP/RNA-seq数据分析显示，许多基因特别是甲基化基因显示异构体水平的差异表达，但是基因水平并无差异。同时，剪接的外显子和内含子显着富集了m6A峰，表明m6A与mRNA的选择性剪接之间的内在联系。m6A 全转录组测序,m6A LncRNA测序。研究m6A内容

m6A修饰的文献已达3000+篇。河北m6A介绍

m6A研究思路 思路1 老数据挖掘 第一步：先从原有的转录组数据中，挖掘到差异表达的甲基化酶； 第二步：对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进⾏qPCR验证，并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变； 第三步：在细胞（动物模型可选）中对这些酶进行敲低和过表达，进行常规的qPCR和WB检测相关酶表达情况，并用LC-MS/MS法检测RNA整体m6A水平； 第四步：继续对这些敲低和过表达的细胞进行转录组测序/小RNA测序或表达谱芯片/小RNA芯片，分析哪些基因出现差异表达变化和可变剪切变化； 第五步：找到甲基化酶调控的靶基因，进行敲低和过表达，看甲基化酶缺陷的细胞或动物模型表型能否补救； 第六步：在确定上一步靶基因确实受到甲基化酶调控后，对靶基因上的motif进行点突变后进行验证； 第七步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。河北m6A介绍

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