传统的血清学与分子生物学方法如ELISA与PCR，由于病原微生物的特异性差异，有时只能用于病原微生物特定种甚至特定种特定株系分离物的检测；而电镜与生物学接种鉴定方法又难以将病原微生物鉴定至物种水平。相比之下，高通量测序技术可以提供一条新的病原微生物鉴定途径。病原微生物检测的不可知性使得高通量测序成为研究这类病原微生物的有用工具。目前，该技术在人类与动植物病原微生物的鉴定中已经有较多的应用。高通量测序在临床virology领域的应用病毒作为一种古老的物种存在于自然界，几乎能够在任何物种寄生，与人类健康息息相关。虽然大部分病毒没有出现明显的临床症状，少数病毒能够引起人类多种疾病，表现出包括发热、腹泻、出血、出疹、呼吸道症状、神经系统症状等。
病毒是颗粒很小、以纳米为测量单位,结构简单、寄生性严格，以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。随机PCR未知病毒筛查上哪找
微生物鉴定系统：微生物鉴定系统的工作原理因不同的仪器和系统而异。不同的细菌对底物的反应不同是生化反应鉴定细菌的基础，而试验结果的准确度取决于鉴定系统配套培养基的制备方法、培养物浓度、孵育条件和结果判定等。大多微生物鉴定系统采用细菌分解底物后反应液中pH的变化，色原性或荧光原性底物的酶解，测定挥发或不挥发酸，或识别是否生长等方法来分析鉴定细菌。药敏试验分析系统的基本原理是将微量稀释在条孔或条板中，加入菌悬液孵育后放入仪器或在仪器中直接孵育，通过测定细菌生长的浊度，或测定培养基中荧光指示剂的强度或荧光原性物质的水解，观察细菌的生长情况。在含有培养基中，浊度的增加。随机PCR未知病毒筛查上哪找病毒由核酸长链和蛋白质外壳构成。
微生物鉴定的方法：1.从观察显微镜下甚至光镜下的微生物的的那个细胞的形态，比如说，是球菌，还是杆菌，还是弧菌，还是螺旋菌，这都是可以从微生物的单个细胞形态上区分的。还有就是细胞的形态，比如说是否有鞭毛、芽孢之类的东西，都是微生物鉴别的特征性特征。2.就是观察细菌的菌落形态，因为细菌生长繁殖到一定阶段大多都是以菌群的形态存在的，不同的细菌菌落在不同的培养基上的生长情况不同，部分细菌对培养基要求较高，部分培养基只能在特定的培养基上生存，通过微生物对不同类型培养基的适应性，可以起到对菌种的有效区分。
病毒鉴定常用方法：病原学检测主要适用于急性期血液标本，一般认为发病7天内检测阳性率高。（1）核酸检测：采用荧光定量RT-PCR方法，是目前早期诊断寨卡病毒病的主要检测手段。（2）病毒分离：将标本接种于蚊源细胞（C6/36）或哺乳动物细胞（BHK21、Vero）进行分离培养，出现病变以后，用检测核酸的方法鉴定病毒。也可使用乳鼠脑内接种进行病毒分离。血清学检测：（1）血清特异性IgM抗体：发病3天后可检出病毒特异IgM抗体，但发病7天后检出率高。可采用ELISA、免疫荧光等方法检测。IgM抗体阳性，提示患者可能新近寨卡病毒，但寨卡病毒IgM抗体与登革病毒、黄热病毒和西尼罗病毒等黄病毒有较强的交叉反应，易于产生假阳性。（2）中和抗体：采用空斑减少中和试验方法检测。患者恢复期血清中和抗体阳转或滴度较急性期呈4倍及以上升高，且排除登革、乙脑等其他常见黄病毒，可以确诊。一般来说，在一定的培养条件下，同种微生物会表现出稳定的菌落特征。
病原微生物检测方法中的多种PCR结合使用，基因芯片技术与多重PCR结合可以通过PCR对目的基因进行放大，通过基因芯片的荧光探针增加检测的灵敏性和特异性，使得两种检测技术的优势互补，已应用于病原微生物的检测。将病原体特异性基因作为靶基因设计出引物与探针，进行多重PCR扩增，制备出寡核苷酸芯片，再对待测样本靶基因进行多重PCR扩增，将扩增产物与病原菌多重PCR基因芯片检测体系杂交，可根据杂交信号直观地判读样品中所含病原体的种类、型别、毒力、侵袭力，从而对病原体进行检测和鉴定。病毒结构简单,寄生性严格,以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。随机PCR新病毒检测
室内舒适的温度，湿度等环境条件,为各种有害微生物滋生创造了条件。随机PCR未知病毒筛查上哪找
随着100多年来人们对病毒认识不断深入，以及生物技术的发展，人类积累了多种病毒性疾病的鉴别诊断能力，掌握了部分病毒的致病机制及流行规律，研制出一些病毒的特异性疫苗，并设计生产了各种抗病毒化学制品，极大地降低了病毒性疾病的危害性。病原微生物检测方法-高通量测序技术之检验检疫中的应用作为近些年出现的新技术，高通量测序技术经过不断地发展，已经在生物技术、食品安全和医药卫生等各个领域得到应用。在检验检疫领域中，高通量测序技术也正在得到越来越多的应用。高通量测序在降低单碱基成本的同时，测序的准确率更高，这无疑会提高基于DNA序列的分子鉴定的准确率。同时，深度测序让复杂样品中非常低丰度成员的检测成为可能，这种检测低丰度种群的能力会深刻影响复合样品中病原微生物的检出率。
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