在我们食品微生物检测过程中，除了我们知道要检测的目标微生物之外，往往会出现一些和目标微生物表现不一，但你又想知道它是什么菌属的情况，特别是对于一些生产企业，有时候往往会怀疑是否是因为这个“非目标菌”的存在，从而影响到了产品质量。那怎么去鉴定那些“非目标”微生物呢？又有哪些方法和手段可以采用呢？传统的细菌系统分类，也就是常说的鉴定，通常是通过纯培养分离后从形态学、生理生化反应特征以及免疫学特性（血清学分析）进行鉴定。这也是我们目前国标中常用的鉴定手段，这种方法的优点就是所用试剂简单易得，常规实验室即可展开，经济实用，缺点呢，就是鉴定所需时间较长，且容易判断不准确。用这种方法，要先进行革兰氏染色，从镜检分析其可能的微生物种属，再根据判断结果，按照《伯杰氏手册》上的生化项目进行实验，确定其可能的微生物种属。比如，镜检是革兰氏阳性杆菌，且周围或菌体顶端有芽孢产生，这时候我们就要往芽孢杆菌的方向去进行生理生化鉴定。
处理未知病原微生物时，安全是很重要的。安徽微生物鉴定诊断
微生物快速检测技术相对于传统检测方法，快速检测方法是指从样品制备到出具检测结果的整个检测过程能够在短时间内完成的检测方法，包括在样品制备、实验准备、操作过程中和自动化上加以简化的方法。目前，国际上对“短时间”的共识主要在于三个方面：1）理化指标的检测分析在2h内完成。2）应用于现场检查的能够在30min内完成。3）与传统方法相比，能够缩短1/2或1/3的时间。微生物快速检测设备方法主要有以下几种：微生物快速测试片技术；免疫检测技术；分子生物检测技术；传感器快速检测技术。
DNA病毒鉴定检测病原微生物检测的不可知性,使高通量测序成为研究这类病原微生物的有用工具。
微生物鉴定：微生物鉴定能采用不同微生物对周围环境的资源的利用度有所不同的特性来区别。比如说微生物能否以二氧化碳作为微生物自身生长的碳源以及对糖类等物质的需求程度来区分。亦或者说对不同类型生长因子的需求也是重点。其实我们还可以通过控制微生物的生长环境来判断微生物的种属类型。比如说该微生物生长需氧，以及适合在什么温度进行生长繁殖，什么温度微生物会转入芽孢形态进行休眠，根据这些表现的不同，都可进行微生物的的鉴别。
常用的病毒检测方法：常用的病毒检测方法有3种，植物直接测定法、指示植物测定法、血清学方法。前2种方法直观，周期长，准确性较差，且无法快速检测。后者灵敏度髙，获得检测结果快速，是目前检测病毒的较好方法。如采用双抗体夹心酶联免疫吸附测定法（DAS^ELISA)，进行CMV，LSV病毒检测。每种病毒都有相应的病毒试剂和测定方法。经检测，若是无病毒的材料，该组培苗就可以大量扩繁，并大量生产出百合脱毒种球，以满足百合生产的需要。微生物检测涉及多行业和领域。
微生物鉴定系统：微生物鉴定系统的工作原理因不同的仪器和系统而异。不同的细菌对底物的反应不同是生化反应鉴定细菌的基础，而试验结果的准确度取决于鉴定系统配套培养基的制备方法、培养物浓度、孵育条件和结果判定等。大多微生物鉴定系统采用细菌分解底物后反应液中pH的变化，色原性或荧光原性底物的酶解，测定挥发或不挥发酸，或识别是否生长等方法来分析鉴定细菌。药敏试验分析系统的基本原理是将微量稀释在条孔或条板中，加入菌悬液孵育后放入仪器或在仪器中直接孵育，通过测定细菌生长的浊度，或测定培养基中荧光指示剂的强度或荧光原性物质的水解，观察细菌的生长情况。在含有培养基中，浊度的增加。室内舒适的温度,湿度等环境条件，为各种有害微生物滋生创造了条件。四川未知病原微生物筛查公司
病毒是颗粒很小、以纳米为测量单位,结构简单、寄生性严格，以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。安徽微生物鉴定诊断
人们对病毒认识不断深入，以及生物技术的发展，人类积累了多种病毒性疾病的鉴别诊断能力，掌握了部分病毒的致病机制及流行规律，研制出一些病毒的特异性疫苗，并设计生产了各种抗病毒化学制品，极大地降低了病毒性疾病的危害性。病原微生物检测方法-高通量测序技术之检验检疫中的应用作为近些年出现的新技术，高通量测序技术经过不断地发展，已经在生物技术、食品安全和医药卫生等各个领域得到应用。在检验检疫领域中，高通量测序技术也正在得到越来越多的应用。高通量测序在降低单碱基成本的同时，测序的准确率更高，这无疑会提高基于DNA序列的分子鉴定的准确率。同时，深度测序让复杂样品中非常低丰度成员的检测成为可能，这种检测低丰度种群的能力会深刻影响复合样品中病原微生物的检出率。安徽微生物鉴定诊断
