反转录酶的选择：反转录酶（Reversetranscriptase）又称逆转录酶。是以RNA为模板指导dNTP合成互补DNA（cDNA）的酶。一部分反转录酶具有RNA酶活性，能够在转录后降解RNA-DNA杂交链中的RNA链。如果反转录酶没有Rnase酶活性，可加入RNaseH来获得更高的qPCR效率。常用的酶包括Money鼠白血病病毒（MMLV）反转录酶和禽成髓细胞瘤病毒（AMV）反转录酶。依据RT-PCR，理想的状态下是选择具有较高热稳定性的反转录酶，cDNA的合成才能在较高的温度下进行，确保成功转录具有较高二级结构的RNA，并确保在整个反应过程中的全部活性，从而得到质量更高的cDNA。逆转录实验反应过程中需控制反应温度，时间和pH值等指标。长沙彩色逆转录
miRNA的加尾法逆转录和qPCR，miRNA与mRNA不同，成熟的miRNA的长度只有20nt左右，非常短，通常正向引物就足以覆盖其全长甚至有余，反向引物就无处安放了。那么如何实现miRNA的qPCR扩增呢？解决方案就是在逆转录的时候设法增加逆转录产物长度。普遍的方法有两种，加尾法和茎环法。经过加尾法或茎环法这种特殊的逆转录形式处理之后，得到的cDNA长度从原始的20nt增加到80nt以上，这样就能够实现miRNA的qPCR扩增了。RNA逆转录实验注意事项：选择合适的引物：但其对RNA的完整度和二级结构的要求较高，而且不适用于原核生物。随机引物可以根据碱基情况结合到几乎所有的RNA上，包括mRNA、tRNA和rRNA。长沙彩色逆转录逆转录实验时要记录反应体系的温度、时间、反应试剂的添加量等参数。
miRNA加尾法逆转录：miRNA，即microRNA，是一类非常短的RNA分子，只有几十到几百个核首酸，在正常细胞存活期间会产生大量的miRNA。miRNA起着重要的抑制作用，它可以抑制特定mRNA的表达以及细胞中内含物翻译和转录等功能他们是催化机制，负责影响细胞及其产物的生物学复杂性和稳定性，对于宿主机体影响是非常重要的。miRNA加尾法是一种获得miRNA及其前体的研究方法之。较重要的是，它是RNA千扰技术的一个重要组成部分。过去的研究发现，通过miRNA加尾法获得的新miRNA表达调节了细胞信号传导、细胞分裂和细胞凋亡等多重信号传递通路，其过程非常复杂。
RT-PCR就是逆转录PCR或称为反转录PCR（Reversetranscription-PCR，RT-PCR），是以RNA为材料应用于PCR扩增中的一种实验方法。首先通过逆转录酶将总RNA或信使RNA（mRNA）转录成互补DNA（cDNA）。其次TaqDNA聚合酶以cDNA为模板进行qPCR扩增。RT-PCR已被普遍应用于多种分子生物学应用中，包括基因表达分析、基因测试、RNA干扰验证检测、微阵列验证、病原体检测和疾病研究。RT-PCR的方法之一步法和两步法：RT-PCR其操作方法分为两种，即一步法和两步法。一步法RT-PCR，逆转录同PCR扩增结合在一起，即cDNA合成与PCR扩增反应在同一管Buffer及酶中进行，一步完成。两步法RT-PCR，RNA首先在反转录酶的作用下生成cDNA，再以cDNA为模板进行PCR扩增，分成两步进行。逆转录实验中引物设计时要注意反向引物特异性和长度，避免循环扩增和特异性问题。
逆转录时试剂没混匀会怎么样？会出现起泡现象。RT-PCR的试剂都应在冰上融化，等完全融化后再取；用过的试剂应瞬间离心后放回-20℃保存；试剂应按顺序加，加完后再混匀离心。使用ReverTra-Ace、RNase-Inhibitor等酶类时，没有混匀，会出现起泡现象；由于酶保存液中含有50%的甘油，粘度高，分取时应慢慢吸取。miRNA的RT-PCR:1）引物稀释：miRNARTPrimer储存液浓度：10μM。miRNARTPrimer工作液浓度：2μM。RTPrimer工作液配置：5μLRT-primer储存液+45μLDEPC水。miRNA前后引物的工作液（10μM）用储存液（100μM）稀释后分装，放入-20℃冰箱保存，避免反复冻融。逆转录反应首先需要逆转录酶的反应活性。长沙彩色逆转录
逆转录实验过程中避免光照，防止RNA样品和试剂受光降解或刺激。长沙彩色逆转录
RT-PCR逆转录引物设计原则：1.上下游引物要保守：扩增子长度需选择一段保守片段（100-200bp）进行PCR扩增，选择片段需跨越内含子，因内含子的基因组DNA序列不会被扩增，也可减少从污染的基因组DNA中扩增得到的假阳性风险。引物选取同样需要保守。2.引物长度和Tm值：引物设计长度为18-25bp，Tm值在50-65℃之间，引物中GC含量在40-60%。设计引物时尽量避免出现4个或超过4个G碱基。RT-PCR实验阴性对照：反转录阴性对照应包括在所有的RT-PCR的实验中，用来检测DNA是否污染（如基因组DNA或PCR产物）。该对照所指不加反转录酶，通过反转录过程得到cDNA在进行荧光定量PCR检测。如检测到扩增，则样本中可能含有基因组DNA污染。长沙彩色逆转录
