化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅只需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
生物菌肥在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高产品品质作用***，但是也有部分农户反映效果不稳定。福建口碑好生物菌肥价格便宜
与化肥混用，化肥用量过大高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。没有因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到***、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。没有因时制宜生物菌肥不是***肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果比较好。不同种类的菌肥直接混用目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互**作用还不是很清楚，若相互**，则会降低肥效。认为菌的种类和菌种数量越多越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。菌衡量标准为“有效活菌数(CFU)”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能**全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。市场上少数不合格产品中会含有致病菌，这反而会引起致病菌繁殖，导致病害发生。福建本地生物菌肥批发价格一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在PH7-8土壤中生存。
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
使用生物菌肥的注意事项：一、避免光照直射。光照直射的情况下，一些菌都会杀死。二、蘸根的时候要有一定的量。蘸根时候有一定的浓度，如果稀释的很稀了，蘸上效果也不好。三、不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，也会把它杀死，效果不好了，施了生物菌肥，熏地熏蒸或者高温消毒，都会对菌有危害，使用不当也会造成，生物菌肥的效果不好，施到地里以后，PH值也是有关系的，土壤中PH值，如果酸性土壤施上效果不好，大部分菌施上都不好，如果是稍碱性的土壤施比较好，所以比较好调节一下，土壤中的PH值，多使用点石灰草木灰四、使用生物菌肥一定要投入有机肥。如果没有有机肥纯使用生物菌效果也不好，生物菌需要一定的，有机质进行分解，进行繁殖，生物菌有粮食，它吃饭才进行繁殖，多施点有机肥才能繁殖，长得比较好。与化学肥料、有机肥料一样，是农业生产中施用的肥料产品的一部分。
生物菌与保存有关系，在流通过程中，生产出来的过程中，有存放也有要求。一般生物菌的存放温度，在4℃-10℃，在通风避光的情况下，一般在两年之内就可以，超过时间比较长的话，里面的生物菌会死的很多，消失的很多。所以说有些人为什么使用不好，他买了些过期的，质量不过关的买了这样的施肥效果就不好了。三、使用方法不当的情况下也可能造成效果不好，使用一般是底施、沟施、穴施，还有些蘸根的、灌根的，还有些拌苗床土的，还有些拌土用在盆里的，也有冲施的，有时选用不当的情况下，也可能造成效果不会很好。每种有机菌肥有它的属性和作用。球状芽孢杆菌是细菌杀虫菌、EM菌抗重荏菌，乳状芽孢杆菌是长效细菌杀虫菌。福建口碑好生物菌肥价格便宜
国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能.福建口碑好生物菌肥价格便宜
生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感。存放或使用时尽量避免强光直接照射，因此生产上一般不采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。喷雾时只要在植物的叶片背面均匀喷布即可。混合使用：生物菌肥可以单独施用，但是不能完全代替化肥或有机肥，事实是与后两者混合使用的效果要好于它们的单独使用。要谨慎不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混合施用。施用时期：要注重生物菌肥不是***肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前一周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，微生物菌剂的施用量不能过大。因为生物菌肥施入土壤后有一个菌群繁殖、壮大的过程。因此，要先于作物需肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以长期、均匀、持续地供给作物养分。福建口碑好生物菌肥价格便宜
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