种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。避免光照直射。光照直射的情况下，一些菌都会杀死。微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。浙江生物菌肥技术指导
天气虽然影响气温的变化，但是对地温来说，尤其是温室，地面深度越深，受气温影响也就越小。也就是说，即使气温是几度、十几度，但是地温可能保持在十几度、二十度，仍然在生物菌的活性范围内。对生物菌活性来说，中温高湿的环境适宜繁殖，秋季土壤墒情在一年四季当中都是相对很好的，土壤湿度、土壤温度都适合生物菌的大量繁殖。所以在秋季施用菌肥对作物有明显的促进作用，尤其是对果树来说，因为秋季是根系的第三个高峰生长期，施用菌肥会促进根系生长，促进树体发育。地温提升1℃，对土壤当中的微生物活性、种子发芽及生长发育都有很大的影响，西藏经济型生物菌肥品质保障国家标准规定，“农用微生物菌剂产品、液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。
注意棚温、地温和水温。施用菌肥的比较好温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌**适温度，土壤含水量是60～70%左右。因量制宜。对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。因时制宜。生物菌肥不是***肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果比较好。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
使用方法：1、育苗：采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧途中堆置三天，再装入育苗盘和育苗钉。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。2、基肥（底肥）：生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用作基肥时在施用有机肥条件下，应将金宝贝微生物菌肥与有机肥按1：500—1.5：500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3-5天，中间翻到一次后施用。微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌固然是成本的首要因素。
选择质量合格，过期不能用。[1]菌肥必须保存在低温（适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。二、根据菌种特性，选择使用方法。建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。三、尽量减少微生物死亡。施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，***、细菌都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。江西常规生物菌肥品质保障
长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。浙江生物菌肥技术指导
误区4：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后成为优势菌群，但外部环境的改变会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。误区5：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题少数用户缺乏对症用菌的意识，选购产品时只注重是否含菌，而不关注菌的种类，使用不对症的菌品种后，达不到所需目的。现阶段在农业部获得登记的微生物品种有9种，具有不同的功能，要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。误区6：超过保质期使用就没有效果国家标准规定，“农用微生物菌剂产品”及“有机物料腐熟剂产品”液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。浙江生物菌肥技术指导
