首先，作者发现了肺腺ai当中 m6A 去修饰化酶 FTO 的异常低表达，就此选定 FTO 这个酶为研究对象。紧接着，作者敲降 FTO 以控制变量，以研究 FTO 这个酶在肺腺ai中所发挥的功能。下一步，作者从上游和下游两个方向筛选出与 FTO 基因或 FTO蛋白发生互作的分子：一方面，通过一系列 Co-IP、ChIP 和荧光素酶报告实验，作者证明 FTO 基因是 Wnt 信号通路的靶基因，Wnt 诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域，通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录；另一方面，通过 m6A ...

RNA剪接后，成熟的mRNA必须从细胞核中输出以在细胞质中翻译或降解。研究者检测到STH处理的he心La细胞中细胞核mRNA的保留时间增加了40％，但是多聚腺苷酸化的RNA没有变化。在具有增强的m6A水平的ALKBH5缺陷型细胞中，通过5-溴尿苷（BrU）掺入分析观察到新生合成的RNA主要分布在细胞质中。据报道，不同的RNA种类通过核孔复合物利用不同的途径进行核输出。TAP-P15复合体是在衔接蛋白如ALY/REF衔接子、SR蛋白和TREX复合物的协助下用于mRNA输出。由于ASF/SF2的磷酸化水平决定其在剪接或核输出中的功能，因此推测由ALKBH5缺陷引起的ASF/SF2磷酸化减少将加强其...

举例来说，潜在的m6A结合蛋白ELAV1 / HuR能够结合ARE区并稳定相应的转录物。对照和METTL3敲低细胞中差异mRNA表达水平的分析表明m6A稳定mRNA。甲基化的失去降低含有m6A4的转录本的表达水平。这种效应对于在内含子中含有m6A的mRNA是较突出的。这些数据的一个可能的解释是m6A是正确剪接mRNA所需要的，当被破坏时导致剪接受损和随后的mRNA降解。m6A对mRNA稳定性的影响可能是基因特异性的，因此全局RNA稳定性的显着变化不太可能发生。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。目前针对人、大鼠小鼠m...

那么，Wnt 信号通路到底是怎么抑制 FTO 启动子的呢？作者通过 ChIP 实验发现，FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域附近的组蛋白存在 H3K27me3 的甲基化修饰现象。学界在先前的研究中已经知晓，EZH2 是一种负责组蛋白 H3K27me3 甲基化修饰的酶。通过Co-IP 实验发现，Wnt 刺激可以促进 EZH2 与 β-catenin 的结合；通过 ChIP 实验发现，Wnt 刺激也可以促进 EZH2 与 TBE 元件的结合。并且，敲降 EZH2 可阻断 Wnt 对 FTO 表达的抑制作用。综合前面的几个发现可以证明：Wnt 信号诱导了 EZH2 与 β-catenin 的结...

云序生物服务优势 优势一：发表10分以上文章jiao多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表53+篇高水平文章，合计影响因子460分+，是国内支持发文较多、累计影响因子较高的公司。 优势二：至今完成4000+例 m6A测序样本，全mian覆盖医口、农口等各类样本。 优势三：quan面检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。 优势四：du家提供m6A一站式服务：m6A整体水平检测、m6A测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down等。 优势五：率先研发超微量MeRIP测序技术，RNA量低至500ng起。 优势...

细胞RNA会天然地经历各种化学修饰。这些经化学修饰的核苷酸又赋予了其自身结构的多样性，从而在各种有序的代谢与机体的功能方面发挥着各种调控功能，进而影响了基因的表达。随着对回贴(mapping)位点修饰的全转录组测序方法的发展，对精确修饰进行检测和定量的高灵敏质谱方法的进步，以及参与修饰的“效应器”(effectors，包括各种能改变各种修饰位点的酶，例如写入器(writers)和擦除器(erasers)和能识别化学修饰位点的读取器(readers)）理解的加深，近几年有关RNA修饰的研究呈现暴发式地增长。然而由于RNA种类庞杂，表达水平有差异，因此这给RNA修饰的研究带来了很大的挑战，另外，R...

测序技术近年来的发展衍生了高灵敏度技术，可用于在各种模型系统和细胞类型的转录组中定位 m6A。通过对 m6A 转录组范围内定位的了解，发现这项技术有着多项功能。显然，还有很多内容有待研究发现，尽管如此，我们现在对这种表观遗传标志物的生物学和调控作用已有了更深刻的理解。测序方法和技术的共同进步也使得我们能够确定负责 m6A 的功能、甲基化和去甲基化的读码器、编码器和消码器。在这张通路图中，我们介绍了负责 RNA 上 m6A 的添加和敲除的必不可少的蛋白质，并将进一步详细介绍 m6A 的一些重要读码器及其表观遗传学功能。m6A是X. laevis中一个高度保守的mRNA修饰。武汉m6AmRNA测序...

METTL3还能作为一个潜在的m6A读取器，在Figure 2B中，我们可以看到，在肺ai细胞中，METTL3此时并没有发挥催化作用，而是在细胞质中锚定到了3'UTR上，促进了一个报告mRNA的翻译。进一步的研究表明，METTL3是通过eIF3h相互作用来促进翻译的。METTL3蛋白自身会通过PTM或与其它蛋白质相互作用来发挥调控功能，例如人类的METTL14能够诱导METTL3的丝氨酸399磷酸化。人类的METTL3会出现SUMOylation修饰，导致METTL3/14的活性降低。但这些现象的机制还不清楚。检测整体m6A RNA修饰水平。山东m6A结果近年来，科学家们发现了一种可逆的RNA...

既然 FTO 敲降所导致的 c-Myc 蛋白的表达水平上升并不是由 MYC mRNA 表达水平的变化造成的，那么造成这一现象的原因会是什么呢？会不会是 mRNA 翻译调控呢？YTHDF1 是一种典型的 RNA m6A 甲基化识别蛋白（也就是 m6A 的 “Reader”）。用 anti-YTHDF1 抗体进行 RIP 实验，发现 FTO 的敲降将会增强 YTHDF1 与 MYC mRNA 的结合。虽然敲降 YTHDF1 并没有影响 MYC mRNA 的表达水平，但却能降低 c-Myc 蛋白的表达水平。在上一段中发现的 FTO 的敲降所导致的 c-Myc 蛋白表达水平的上升，还会被 YTHDF1...

迄今为止，已有160多种RNA修饰被发现，真核生物中除了常见的m6A修饰以外，科学家也发现了一种位于真核生物mRNA 5‘帽端的RNA可逆修饰m6Am，即在 m6A 修饰的基础上，同一个腺苷酸残基的核糖的 2’ 羟基也被甲基化，产生 2’ 甲氧基结构（2’-O-CH3）。研究发现m6Am修饰在50-80%的哺乳动物中都存在，并在细胞生命过程中通过影响mRNA的蛋白翻译效率发挥重要作用。目前已有多篇m6Am文章在高分期刊进行了报道（如表1），2017年《Nature》上发表了一篇m6Am在5‘端修饰影响mRNA稳定性的文章，说明了m6Am在mRNA修饰在生命过程中的重要作用。m6A RNA修饰靶...

在肺腺ai细胞当中，哪些 RNA 会受 FTO 表达下调的调控，进而引发肺腺ai呢？为了探明 FTO 下游的分子致病原因，作者进行了 m6A 甲基化测序，发现 FTO 敲降的肺腺ai细胞当中有大量基因的 mRNA m6A 甲基化上调。FTO 是一种典型的 RNA m6A 甲基化的去修饰酶（也就是 m6A 的 “Eraser”），可以消去 m6A 甲基化，还原出普通的 A 碱基。通过云序生物m6A MeRIP-seq发现，FTO敲降细胞中有 556 个基因的 mRNA的 m6A 修饰水平升高；生信分析也发现，FTO 敲降细胞的代谢通路当中有许多基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高，其中就包...

已知tRNA上发生碱基修饰的比例较高，会有各种各样的碱基修饰行为。tRNA修饰有助于提高翻译效率，维持其三叶草折叠二级结构的稳定性。人类的核糖体RNA（rRNA）上有超过200个碱基修饰位点，而剪切体RNA（spliceosomal RNA）上也有超过50个碱基修饰位点。虽然RNA甲基化的研究在上世纪七十年代就开始，但是由于技术上的局限一直停滞不前。直到近几年在何川教授等研究团队的带领下，通过不断的技术创新和难点攻克，m6A 等甲基化修饰的研究才不断取得突破性的进展。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。提供m6A一站...

一旦参与m6A修饰的酶出现异常将会引起一系列疾病，包括tumour、神经性疾病、胚胎发育迟缓等。此外，一些非编码RNA如lncRNA、tRNA、rRNA以及剪切体RNA在转录前后，也存在大量的碱基修饰活动。虽然近几年，关于RNA修饰的研究数量开始增多并慢慢成形，一些深入性的机制研究仍有大量的工作待全球的科学家去完成。但是无论如何，coding RNAs和non-coding RNAs上发生的动态修饰dai表了一种全新的遗传信息调控方式。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。发表10分以上文章较多的m6A RNA甲基化测...

云序生物服务优势 优势一：发表10分以上文章jiao多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表53+篇高水平文章，合计影响因子460分+，是国内支持发文较多、累计影响因子较高的公司。 优势二：至今完成4000+例 m6A测序样本，全mian覆盖医口、农口等各类样本。 优势三：quan面检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。 优势四：du家提供m6A一站式服务：m6A整体水平检测、m6A测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down等。 优势五：率先研发超微量MeRIP测序技术，RNA量低至500ng起。 优势...

已知绝大部分真核生物中，mRNA在5’ Cap处存在甲基化修饰，作用包括维持mRNA稳定性、 mRNA前体剪切、多腺苷酸化、 mRNA运输与翻译起始等。而3’ polyA发生的修饰有助于出核转运、翻译起始以及与polyA结合蛋白⼀起维持mRNA的结构稳定。但是这些修饰只发生mRNA的头部和尾部，关于RNA的内部修饰（internal modification）在许多种类的RNA中都有发⽣。无论是mRNA还是lncRNA，都大量存在m6A修饰。m6A能够加速mRNA前体的加工时间，加快mRNA在细胞中的转运速度和出核速度。主要学习研究较多的m6A。RNA的m6A甲基化⼀共有大三类酶参与：Writ...

在本研究当中，作者发现： 肺腺ai组织当中，m6A 的去修饰化酶 FTO 的表达水平存在下调。 Wnt 信号诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域，通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录。 通过m6A MeRIP-seq发现FTO 的表达下调使得包含 MYC 在内的多种代谢相关基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高。 MYC mRNA 的 m6A 修饰可以募集 m6A 识别蛋白 YTHDF1 的结合，从而促进 c-Myc 蛋白的翻译表达，进而提升tumour细胞的糖酵解水平和细胞增殖能力，促进t...

测序技术近年来的发展衍生了高灵敏度技术，可用于在各种模型系统和细胞类型的转录组中定位 m6A。通过对 m6A 转录组范围内定位的了解，发现这项技术有着多项功能。显然，还有很多内容有待研究发现，尽管如此，我们现在对这种表观遗传标志物的生物学和调控作用已有了更深刻的理解。测序方法和技术的共同进步也使得我们能够确定负责 m6A 的功能、甲基化和去甲基化的读码器、编码器和消码器。在这张通路图中，我们介绍了负责 RNA 上 m6A 的添加和敲除的必不可少的蛋白质，并将进一步详细介绍 m6A 的一些重要读码器及其表观遗传学功能。m6A  LncRNA测序（涵盖LncRNA和mRNA）。黑龙江m6A分析一旦...

早在上世纪60年代，除了传统的ACGU四种碱基外，Cohn等人已经在RNA上发现了大量的碱基位点修饰。Holley等人于1965年，首ci在酵母的tRNA中鉴定了包括假尿苷（pseudouridine）在内的十余种不同的RNA修饰。已知绝大部分真核生物中，mRNA在5’ Cap处存在甲基化修饰，作用包括维持mRNA稳定性、mRNA前体剪切、多腺苷酸化、mRNA运输与翻译起始等。而3’ polyA发生的修饰有助于出核转运翻译起始以及与polyA结合蛋白一起维持mRNA的结构稳定。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。FT...

检测m6A的方法非常多，如包括MeRIPseq、 miCLIP-seq、 SCARLET、 LC-MS/MS等。2012年之后，两篇发表于Nature和Cell上的论⽂可以说是di⼀次从转录水平上，大范围高通量地鉴定了人和小鼠m6A的甲基化水平（Dominissini 2012和Meyer 2012）。这两篇独li发表的论文采用的he心方法就是将m6A抗体与带有m6A的mRNA的片段相结合后进行高通量测序。通过对下机数据的分析，来鉴定mRNA上m6A程度较高的区域，分辨率约为100nt。这种方法我们称之为MeRIP-seq（methylated RNA immunoprecipitation ...

M6A对RNA剪接的作用可能是由于甲基化的发生会干扰剪接因子和mRNA之间的相互作用，m6A簇可能作为某些RNA结合蛋白的对接位点；或者，由于m6A使A-U碱基配的稳定性降低，RNA二级结构可能受到影响。另一个可能的机制是通过甲基转移酶或脱甲基酶的相互作用，近来对ALKBH5的研究提出了m6A水平可能影响剪接因子的基因表达的另一种可能性。基于甲基转移酶和去甲基酶的定位，m6A可以在核或细胞质中被引入或去除。m6A可能对RNA具有不同的作用，这取决于它在细胞核还是细胞质中被检测到。 目前，已确认m6A具有的几个功能。肺腺ai当中m6A去修饰化酶FTO的异常低表达。石景山区项目m6A举例来说，潜在...

上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。截止2019年5月，公司已取得软件著作权18项，专li2项，软著分别为m6A RNA甲基化、m5C RNA甲基化、chip、circRNA、lncRNA、piRNA、miRNA、mRNA等高通量测序数据分析系统（软件）。云序生物推出的GenSeq® m6A MeRIP...

RNA甲基化作为表观遗传学研究的重要内容之一，是指发生在RNA分子上不同位置的甲基化修饰现象，6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine，m6A)和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine，m5C)是真核生物中较常见的两种RNA转录后修饰。RNA甲基化在调控基因表达、剪接、RNA编辑、RNA稳定性、控制mRNA寿命和降解等方面可能扮演重要角色。 相对于DNA甲基化，RNA甲基化更加复杂、种类繁多、普遍存在于各种高级生物中。表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalent histone modification)、DNA甲基化修饰(DNA methylation)、RNA甲...

检测m6A的方法非常多，如包括MeRIPseq、 miCLIP-seq、 SCARLET、 LC-MS/MS等。2012年之后，两篇发表于Nature和Cell上的论⽂可以说是di⼀次从转录水平上，大范围高通量地鉴定了人和小鼠m6A的甲基化水平（Dominissini 2012和Meyer 2012）。这两篇独li发表的论文采用的he心方法就是将m6A抗体与带有m6A的mRNA的片段相结合后进行高通量测序。通过对下机数据的分析，来鉴定mRNA上m6A程度较高的区域，分辨率约为100nt。这种方法我们称之为MeRIP-seq（methylated RNA immunoprecipitation ...

m6A 在细胞核内的动态调节由在 mRNA 上存储 m6A 的甲基转移酶编码复合物和去除相关标志物的 m6A 去甲基化酶进行。已知该编码复合物含有甲基转移酶 METTL31,2和 METTL14、METTL3 接头 WTAP3 和其他相关蛋白，包括 KIAA14294 和 RBM15/15B5。已知 m6A 的消码器由两种不同的酶组成：FTO 和 ALKBH56,7。将 m6A 添加到 mRNA，随后进行消除的想法将是未来 m6A 研究的重要考虑因素。转录组中 m6A 水平的动态变化可能表明该表观遗传学标志物具备新功能。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研...

那么，Wnt 信号通路到底是怎么抑制 FTO 启动子的呢？作者通过 ChIP 实验发现，FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域附近的组蛋白存在 H3K27me3 的甲基化修饰现象。学界在先前的研究中已经知晓，EZH2 是一种负责组蛋白 H3K27me3 甲基化修饰的酶。通过Co-IP 实验发现，Wnt 刺激可以促进 EZH2 与 β-catenin 的结合；通过 ChIP 实验发现，Wnt 刺激也可以促进 EZH2 与 TBE 元件的结合。并且，敲降 EZH2 可阻断 Wnt 对 FTO 表达的抑制作用。综合前面的几个发现可以证明：Wnt 信号诱导了 EZH2 与 β-catenin 的结...

RNA剪接后，成熟的mRNA必须从细胞核中输出以在细胞质中翻译或降解。研究者检测到STH处理的he心La细胞中细胞核mRNA的保留时间增加了40％，但是多聚腺苷酸化的RNA没有变化。在具有增强的m6A水平的ALKBH5缺陷型细胞中，通过5-溴尿苷（BrU）掺入分析观察到新生合成的RNA主要分布在细胞质中。据报道，不同的RNA种类通过核孔复合物利用不同的途径进行核输出。TAP-P15复合体是在衔接蛋白如ALY/REF衔接子、SR蛋白和TREX复合物的协助下用于mRNA输出。由于ASF/SF2的磷酸化水平决定其在剪接或核输出中的功能，因此推测由ALKBH5缺陷引起的ASF/SF2磷酸化减少将加强其...

m6A是通过一个复合物加到mRNA上的（Figure1），这个复合物有多个亚基，包括METTL3，METTL14，WTAP，VIRMA，ZC3H13，HAKAI，RBM15/15B。其中包括以下成员：METTL3/14，全称是methyltransferase-like 3/14，即甲基转移酶3/14， 这两个甲基转移酶是这个复合物的he心成员，其中MELLT3起催化作用，MELLT14促进复合物与RNA结合。WTAP，全称是Wilms tumor 1-associating protein，其功能是结合METTL3/14，诱导它们向底物招募以及定位。VIRMA，全称是Vir like m6A...

mRNA降解的调节是影响总体细胞mRNA丰度的主要因素。由于在poly（A）尾部中未检测到m6A，因此它可能不涉及聚腺苷酸化依赖性的mRNA降解。 Camper SA等人已经通过用STH处理he心La细胞来检查对mRNA稳定性的影响发现，尽管在高达500μMSTH的存在下m6A抑制几乎完全，但mRNA稳定性没有受到很大的影响。然而，如通过高通量测序分析所鉴定的，m6A富集在3’UTR区域中,3’UTR包含mRNA降解所需的几个重要功能域，如富含AU的元件（ARE），铁反应元件（IRE）和细胞质聚腺苷酸化元件（CPE）。同时，3’UTR是microRNA（miRNA）靶向的区域因此不能排除m6A...

mRNA前体的剪接是基因表达中的重要步骤，它涉及内含子的精确切除和核中初级转录本外显子的连接以产生成熟的mRNA。很早提出的m6A的作用之一是作为RNA剪接的调节剂，目前已有许多证据支持m6A与RNA剪接的相关性，尽管确切的机制尚不清楚。例如，在经环亮氨酸处理的禽肉瘤病毒感ran的细胞中，存在mRNA前体的明显累积，而成熟mRNA的减少；从METTL3敲低的he心pG2细胞的m6A-IP/RNA-seq数据分析显示，许多基因特别是甲基化基因显示异构体水平的差异表达，但是基因水平并无差异。同时，剪接的外显子和内含子显着富集了m6A峰，表明m6A与mRNA的选择性剪接之间的内在联系。LC-MS/M...

目前科学家已经在RNA中鉴定了超过100种不同类型的碱基修饰行为。在真核生物中，5’端的Cap以及3’的ployA修饰在转录调控中起到了十分重要的作用，而mRNA的内部修饰则用于维持mRNA的稳定性。mRNA较常见的内部修饰包括了N6-腺苷酸甲基化（m6A）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）、胞嘧啶羟基化（m5C）等。对于大热的m6A，截止当前，全球的科学家已经鉴定了参与m6A的许多酶，包括去甲基化酶、甲基化酶和甲基化识别酶等（将在下期进行详细介绍）。m6A 全转录组测序（涵盖mRNA，LncRNA，circRNA）。杭州云序m6A检测m6A的方法非常多，如包括MeRIPseq、 miCLIP-s...