烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台，可实现零代码操作、简单方便：单细胞浏览器的操作简单，不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行，即使生信0基础用户也可以运用自如；可视化展示海量结果文件：可视化展示Cluster的基因数，UMI数量、线粒体RNA占比信息；以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等；3D立体展示，文章动图先人一步：单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示，更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。截至2021年10月，烈冰助力发表空间转录组测序文章近20...

空间转录组测序与单细胞测序的结果不同，这里存在一个概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空间转录组片子上组织覆盖的有效的spot位点。这个有效Spot的筛选标准是有UMI以及有序列表达。那么这个时候，贴片的质量就成为了制约空间转录组有效区域的要点了。如果组织没有很好地覆盖到空转片上，那么容易出现虽然有HE染色有组织片子，但是没有基因表达，即无有效Spot位点。同样的，另一个就是组织切片的大小，也就是说组织切片在整个玻片的覆盖面积越小，分析的有效区域就越少。这两者基本上决定了整个空间转录组分析结果的基础质量。烈冰生物为您提供一站式全流程高通量测序服务。广州BD空间转录组平...

多样本数据合并：FractionofReadsKept：合并样本时，各样本根据MappedBarcodedReadsperCell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深入解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！国产化PanoCell空间转录组测序平台，提供高性价比服务方...

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验，已...

基因测序是基因检测的方法之一，其又叫基因谱测序，是国际上公认的一种基因检测标准。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定，被称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)，足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用，可以说，基因测序技术将是下一个改变世界的技术。十二年测序经验，累计服务与5000余项重要科研项目。武汉高通量测序空间转录组测序在发育过程或疾病发生过程中，组织内...

烈冰与国内高校、研究所、医院和药企单位开展深度合作，服务于600+临床与研究机构，1000+客户和5000+重要科研项目，助力并联合发表300+篇CNS等国际学术期刊（不完全统计），在单细胞领域，烈冰助力用户发表单细胞文献30+篇，总IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物领域国际主流学术期刊，已发表文章研究领域涵盖包括COVID-19研究、疾病发生转移机制，免疫研究、脑神经、白血病、胚胎发育、糖尿病、退行性疾病和植物领域研究等。烈冰开展了空间转录组、单细胞多组学...

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍，保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP：1）碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团，用于区分ATCG；2）3端使用叠氮基团封闭，保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时，会通过高速荧光显微镜记录荧光图像，再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团，开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光，实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控，随着循环数的增大会出现不同步的情况，因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。ATCG碱基的排列组合构成了测序的庞大世界。杭州烈冰科技空间转录组商业化服务单细胞测序技术是一...

空间转录组测序是在组织原位检测全转录组基因表达的⼀种技术，可以展⽰组织切⽚中不同区域的基因表达情况，同时能够得到⽬的基因在组织内部的空间位置信息。与传统的全基因转录组或单细胞转录组测序相⽐，空间转录组测序浆病理影像（H&E染⾊）与测序数据映射在⼀起，进⽽可以分析组织切内部空间结构的细胞异质性。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境，将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。空间转录组测序技术提供了空间转录组水平...

RNA测序（RNA-seq）是转录组学研究的重要工具，也是生命科学领域常用的技术之一。相比于传统通路研究低维度、低通量的局限性，转录组学有以下优势：1）能够动态考察细胞基因组的表达，多维度地反映差异变化；2）可用于研究占RNA绝大部分的非编码RNA，研究其结构以及在细胞生命活动中的重要调控作用；3）与蛋白组学研究相互补充，多角度呈现细胞水平的变化信息。作为转录组学研究的技术基础，RNA测序技术也在不断地更新迭代，现如今更大通量、更深精度的测序为众多科研和医学工作者提供了丰富的工具和探索真理的手段。丰富的测序和数据分析经验，烈冰配套全程个性化、定制化地数据分析服务。烈冰科技空间转录组数据分析转录...

10XVisium的实验主要分为两部分：组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息；组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下：A、切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。B、切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的mRNA得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。C、逆转和文库构建：以捕获的RNA为模板，进行cDNA合成，和测序文库制备。D、高通量上机测序：对制备...

单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的科学突破。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境，将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。空间转录组测序技术遍地开花，烈冰服务让您的生物医学研究如虎添翼。青岛BD Rhapsody空间转录组数据分析空间转录组学（...

烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机，搭配切片经验丰富的实验团队，可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案，保持密切高效的沟通，设计更适合的实验方案，确保每一个实验细节有效进行；烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统，更高清分辨率解析组织切片原始图像信息，10X,20X,40X,60X更多物镜选择，为不同大小的样本提供更清晰的图像，更精细的图像信息采集、拼接策略，为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像；空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域的信号通路。合肥烈冰空间转录组商业化服务单细胞测序是指针对单个细胞进行全转录组测序分析，可精确地描述每...

解决空间转录组测序数据分析中由于超大数据量、超高的质控要求以及繁多分析需求而引起的分析困难，做到快速可定制化完成空间转录组分析；拥有行业先进的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的数字切片扫描仪，可以同时实现明场与荧光场下冷冻切片的快速扫描成像；Z-Stack多层聚焦扫描及Extended Focus 景深扩展多层融合扫描模式，进一步提升分辨率和清晰度，保证切片高分辨的数字图像信息精细采集；能够满足针对分析结果中感兴趣基因的RNA-FISH验证以及组织切片的免疫组化的高清成像，获取表达与定位信息。十二年测序经验，烈冰生物空间转录组领域的佼佼者。宁波空间转录组技术支持当组织冷冻切片附...

当前的技术主要有四种策略：1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中，可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方...

空间组测序技术，作为现阶段单细胞技术的重要补充技术进入了组学的实验领域以及生物信息学的分析领域。通过单细胞测序（单细胞表达尺度）+空间转录组测序（空间表达尺度）+数字病理（临床诊断尺度）联合分析可在空间和时间上描述不断演变的组织生态系统，多角度深入分析组织的形态特征、基因组学特征、表观遗传调控因子以及样本中的免疫微环境。不同于单细胞测序分析的需求-分析-需求-分析的模式，空间转录组分析实际上是非常需要研究者和企业之间的互动的，尤其是对于组织切片的理解，一个在线互相交流空间转录组测序结果的系统也是空转分析中不可或缺的一环，也是重中之重。测序的革新让科学研究从个体基因差异逐渐转为个体细胞的基因差异...

空间转录组学（Spatial Transcriptomics）是指在组织切片上完成，保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域中激发的信号通路，完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新，对于诊断标志物、耐药位点以及靶向药物的研发，免疫治等新兴领域都具有重要作用。当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时，通过透化处理，细胞内的mRNA释放出来，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列...

生命科学研究的目的之一就是为了解决细胞和组织以及该组织如何影响功能这一难题。测序技术可提供特定条件下某些 组织中基因的表达信息，不仅可以推断出相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制，而且可以辨别细胞的类型和异质性，为疾病诊断提供理论依据。但由于研究的深入或具体研究方向和内容的不同，传统的转录组测序技术显然不能够满足科研工作者们强烈的好奇心，更加直观地反映组织中基因的表达情况，随即单细胞转录组测序（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）、空间转录组（Spatial transcriptomics，ST）测序等一系列技术应运而生。烈冰专精空间转录组测序领...

空间转录组测序是在组织原位检测全转录组基因表达的⼀种技术，可以展⽰组织切⽚中不同区域的基因表达情况，同时能够得到⽬的基因在组织内部的空间位置信息。与传统的全基因转录组或单细胞转录组测序相⽐，空间转录组测序浆病理影像（H&E染⾊）与测序数据映射在⼀起，进⽽可以分析组织切内部空间结构的细胞异质性。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境，将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。空间转录组测序技术提供了空间转录组水平...

烈冰科技于2010年诞生之初便立足于高通量测序行业，为科研学者提供专注的测序数据分析服务，先后经历基因芯片时代、基因测序、转录组测序时代...在科技日新月异的洪流中始终独占鳌头。2018年以来，烈冰依托自主研发的NovelBrain®生物大数据分析平台，为用户提供一站式全流程的空间转录组测序服务和解决方案。烈冰经过十几年的经历，已具备大鼠、小鼠、斑马鱼、猴、裸鼹鼠、水稻、拟南芥等10+物种，皮肤、脑、胰腺、脂肪、心脏、花序等50+组织类型，100+细胞类型，1000+靶标基因，10000+样本处理经验。全线搭建10x Genomics空间转录组测序平台。青岛高通量测序空间转录组测序价格烈冰科技...

转录组分析指对细胞内所有转录产物的分析。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。强势发文！烈冰空间转录组测序助力揭示愈伤组织能再生的机制。青岛烈...

空间转录组数据可以用单细胞转录组数据的分析策略进行分析，例如，利用GO和Pathway分析筛选不同发育时期特定空间区域内的信号通路及其关键基因的较大情况，揭示在特定发育时期特定区域内发生的生物学过程。针对任何一个基因，空间转录组可以显示表达该基因的点阵及其空间排布；单细胞转录组可以给出该基因表达的细胞类群；原位测序可以给出该基因在细胞内的表达状况。通过不同发育时间点的信息比较，可以分析细胞类群在某个部位在不同时间点的差异，给出其在细胞内的真实的演变状况。烈冰空间转录组，多平台任意选择，随心组合，优化您的科学研究，助力探索新的科学视角。宁波烈冰科技空间转录组测序基于桥式PCR技术的簇生成可以将模...

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台，针对庞大的单细胞测序数据，能够实现细胞类型鉴定的快、精、准：一键导入genelist构建个性化基因列表；轻松一点即可展示Marker基因的Featureplot；任意修改Cluster的颜色和名称助力高效鉴定细胞类型；一键获得t-SNE图、Heatmap和Violin图：轻松获得并下载基因表达的t-SNE图、Heatmap、Violin图，还可以通过调节宽、高和系数比例来调节美观。平台上线300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板，帮助烈冰生信分析团队和自主分析用户实现分析工具和模板的快速调用和一站式全流程自动...

细胞中基因的表达是严格按照时间和空间顺序发生，因此细胞类型和基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过收集不同时间点的样本进行单细胞转录组测序来分析。但是单细胞测序结果动辄上百G数据量，庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求，单细胞转录组测序（scRNA-Seq）在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构，无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题，其以点阵形式记录组织切片细胞的空间信息。烈冰引进国际主流空间转录组测序平台，提供保留组织内部精细区域的空间信息的转录组测序。温州烈冰空间转录组测序服务在发育过程或疾病发生过程中，组织内部的不同细胞经...

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段：1.数据的预处理部分；2.Spot点阵的分群与定义；3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺，其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可，左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后，采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析，解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。强势发文！...

单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的科学突破。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境，将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。烈冰对于一个细胞群体中的每个细胞单独进行建库测序分析。广州scRNA空间转录组服务机构所谓的高通量测序技术，又名大规模平行...

烈冰与国内高校、研究所、医院和药企单位开展深度合作，服务于600+临床与研究机构，1000+客户和5000+重要科研项目，助力并联合发表300+篇CNS等国际学术期刊（不完全统计），在单细胞领域，烈冰助力用户发表单细胞文献30+篇，总IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物领域国际主流学术期刊，已发表文章研究领域涵盖包括COVID-19研究、疾病发生转移机制，免疫研究、脑神经、白血病、胚胎发育、糖尿病、退行性疾病和植物领域研究等。空间转录组测序可识别重要的转录因子...

空间转录组测序在病理学中，通过添加基因表达维度，得出形态学结论，通过观察基因表达区域，了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学，研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征；免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析； 在神经科学，研究大脑皮层层状组织解析，揭示大脑皮层的结构-功能关系，正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层； 在发育生物学，通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征，解析组织中与形态形成相关基因；丰富基因表达的空间注释信息，创建组织发育的空间细胞图谱。烈冰全线实验平台满足超深度、大规模发现和复杂疾病研究的测序。深圳烈冰科技空间...

空间组学可以应用的方向：1.可以鉴定到疾病的空间位置异质性：对于阿尔茨海默症的研宄可以探索到小神经质细胞趋向于阿尔茨海默神经班。 2．建立空间转录组图谱构建个人空间转录组图谱将极大提升科研人员对生物体组织间的细胞差异。3、描述胚胎发育及空间蓝區胚胎发育的动态过程是科研人员一直为之着迷的，空间组学发展可以清晣的描绘胚胎发育的蓝图。除了皮肤、胰腺和骨头组织外，其余样本类型均可开展10xGenomics空间转录组研究。10xGenomics公司已经测试完毕的组织类型有：人：心胜、肾胜、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏小鼠：大脑、眼睛、心胜、肾胜、大肠、肝脏、肺、卵巢，四头肌、小肠、脾胜、胃、...

转录组分析指对细胞内所有转录产物的分析。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。烈冰对于一个细胞群体中的每个细胞单独进行建库测序分析。重庆烈冰生...

空间转录组技术流程：1、组织优化由于不同物种、组织来源的样本所需的比较好透化时间不尽相同，在正式开展空间转录组测序实验前，需要利用组织优化kit进行条件的摸索。组织优化芯片上包含8个捕获区域，每个区域均覆盖了荧光标记探针，可捕获mRNA形成带有荧光标签的cDNA，随即可通过荧光成像结果判定比较好透化时间及组织优化条件。2、空间转录组测序确定组织优化条件后，即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。助力探索生命时空多维度的动态变化的生物学信息；助力生命健康医疗大时代！青岛高通量测序空间转录组技术支持烈冰与国内高校、研究所、医院和药企单位开展深度合作，服务于600+临床与研...