针对单细胞测序的细胞数量判断环节:主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。过滤标准:由于细胞破碎后游离RNA会释放到环境或孔中,并且测序中也会存在一些死细胞,导致数据存在background值。因此,我们需要设定一定的标准来过滤掉假细胞或死细胞。以10× Genomics为例,细胞数量判断主要通过分析UMI Counts-Barcode曲线斜率拐点,当存在多个斜率拐点的时候,结合预期UMI=500时的细胞数量进行过滤。当斜率拐点低于UMI=500的时候,选择UMI=500作为细胞的判断的标准;否则,选择和预期细胞数量接近的拐点作为细胞判断的位置。这样我们能够有效获得真实的并且在基因数量上可以分析的数据。单个细胞的基因结构和基因表达状态,并鉴定细胞的类型。武汉single cell RNA单细胞平台
什么时候要用到去死细胞的操作呢?跟进烈冰生物多年单细胞测序服务经验来看,当细胞悬液进行质量和活性检测后,考虑对细胞活性在50%-70%的悬液进行去除死细胞的操作。而太低活性的悬液(小于30%),悬液中细胞大量死亡,可能已经丢失了原组织内的细胞比例和状态,失真严重,建议重新收集样本进行新的实验,保证数据的高质量和实验结果的准确性。但需要注意到,去除死细胞的操作会损失一定的细胞数量,因此希望您在提供样本时,尽可能提供足量的细胞,以备实验过程中可能存在的细胞死亡的问题,BD Rhapsody单细胞捕获平台对样本起始细胞量的要求较低,一般提供10万个细胞以上均可满足需求,特殊样本可详细咨询烈冰生物。江苏BD VDJ单细胞服务机构烈冰单细胞多组学测序助您探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。
细胞计数和活力评估在评估样本质量时,需要在细胞清洗和过滤之后测定细胞活力,这一点至关重要。测定细胞活力有许多种方法,烈冰多年单细胞测序经验发现台盼蓝法在鉴定活细胞与死细胞的比例时效果很好。细胞计数的准确性以及目标回收量和实际回收量之间的一致性,取决于我们了解样本中有多少个细胞。一旦过滤和清洗完成,可采用细胞计数设备(如血球计数器或自动细胞计数仪)进行定量。这些设备不但能提供准确的细胞计数,还能计算出向微流体芯片上样适量细胞所需的细胞悬液体积。
烈冰生物单细胞测序服务,为您提供可视化质控系统,保证每次实验的可靠性:BD Rhapsody 扫描仪具有直接成像功能,可在工作流程的不同阶段进行质量控制,如细胞捕获率和细胞多态率(双细胞率)。成像仪指标可以确认起始细胞样本的质量,并确认微孔板工作流程中每个步骤的成功完成状态 ;在细胞裂解前的步骤中评估细胞活性;并对通过测序确定的细胞回收量进行可靠估算。利用这些信息,在进行高成本的下游测序之前,用户可根据需要改变方向并解决实验中遇到的问题。这些指标允许用户对不同工作日间的或者不同研究中心间的工作流程性能进行跟踪。BD 单细胞捕获平台搭配BD Scanner,全流程实时质控,项目质量尽在掌握。
单细胞测序方法不但改进了实验过程,还帮助科学家在健康和疾病研究的关键领域取得新进展。那些过去从转录平均值或单项参数读取中无法获得的新发现正在改变我们对传染病、神经退行性疾病等疾病的认识。从鉴定新的细胞类型和状态,到揭开疾病用药应答和耐药的潜在机制,单细胞测序正在推动突破性的研究,有望改变生物学和医疗。无论是无法解释的疾病,还是人体或自然界中尚未探索的系统,曾经模糊的东西正变得越来越清晰。随着我们迈向科学的未来,我们手头的工具就像伽利略的望远镜一样能够提高焦距和放大倍数,而定义科学未来的知识新深度是十年前的人们所无法想象的。全线搭建BD Rahpsody单细胞测序平台。厦门scRNA单细胞测序
基于磁珠Barcode和UMI及polyT的探针结构,精细区分上万个细胞中mRNA的来源及表达丰度。武汉single cell RNA单细胞平台
您的珍贵样本,可以放心依赖烈冰生物BD Rhapsody单细胞捕获系统,首先,该系统的技术原理是基于cyto-seq的微孔技术,因此不会因为样本细胞体积太大或悬液背景太杂等问题导致捕获通道的堵塞进而导致样本的损失;其次,BD RhapsodyTM单细胞捕获系统无电子元件,便于携带,当您的样本需及时实验时,我们可以“拎包上门”,快速的完成细胞捕获部分,不至于珍贵样本因细胞活性快速下降带来的损失;在这,BD Rhapsody单细胞捕获系统对细胞数量包容性较好,细胞悬液上样量高达575ul,针对样本中细胞数量较少的组织类型,也能完成整个项目的细胞捕获工作。武汉single cell RNA单细胞平台
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