北京10X Chromium X单细胞测序数据分析可视化

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单细胞测序是指针对单个细胞进行全转录组测序分析，可精确地描述每一个细胞的状态，在异质性发育过程中具有特殊的应用价值。然而，单细胞测序无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息，对于揭示发育过程、病理微环境都存在很大的局限性。空间转录组测序以点阵形式记录病理切片细胞的空间信息并进行测序，可以精确指示点阵内的全部基因表达情况。空间转录组测序的加入，无疑让单细胞测序如虎添翼，更精确地勾勒了组织水平的异质性。长春单细胞测序服务全线搭建10x Genomics单细胞测序平台。

样本制备后的保存 为了尽可能地减少转录组的变化，在对细胞进行清洗和计数后，单细胞悬液应当保存于冰上，直至用于后续的上机和文库制备步骤。在理想状况下，一旦制备好样本，应当在3min钟内将其用于下游步骤。然而，您还有必要了解各类细胞的不同性质，因为这可能会影响细胞应在冰上保存的时间，以及它们在制备后多久便应当被尽快使用。例如，有些细胞（如PBMC）如果在冰上放置一段时间，它们就开始形成团块。这些团块很难解离，增加了堵塞的风险，而且每个团块被当成单细胞计数，又降低了细胞计数的准确性。此外，有些细胞更加粘稠，形成团块的速度更快。对于这些细胞，必须尽量减少制备和使用之间的时间差。

高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation” sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的 分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验，已助力Nature，immunity等在内的300+篇CNS文章发表。烈冰全线实验平台满足超深度、大规模发现和复杂疾病研究的测序。

现有的单细胞测序技术阵营在几个主要领域存在差别。一个是分隔单个细胞以在其中进行微反应的物理平台。在这个空间，单个细胞的内容物释放，转录本或其他生物分析物被标记或添加索引，以便下游识别。现有技术的另一个主要区别是如何添加索引，就像生成测序文库所涉及的流程步骤一样。10X Genomics单细胞测序平台采用动态微流控技（Drop-Seq具有类似的技术原理）。从横向孔道中逐一输入凝胶微珠，其中一列纵向孔道输入细胞，凝胶微珠与细胞碰撞后会吸附在凝胶微珠上，并通过微流控技术，将之输入到第二纵向孔道，即油相孔道中。这时候，就形成了一个个油滴并输出并收集在EP管中。每一个油滴中会落入一个细胞以及一个凝胶微珠，那么在每一个凝胶微珠中上长满了不同的Cell Barcode和UMI Barcode连接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，构成我们的捕获凝胶微珠。而这个凝胶微珠抓手就会使用oligo dT抓住mRNA构建文库。烈冰实验室包含从样本处理到测序下机的全套实验平台。西安10X Chromium X单细胞测序多组学测序

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关于单细胞测序实验样本制备，这与流式细胞术用户熟悉的步骤完全一致，也就是通过酶促或机械消化、细胞分选或其他细胞分离技术从整个样本中制备生成活的单细胞悬液。随后是细胞计数和质量控制步骤，以确保您的样本有适当浓度的活细胞，并且不含细胞团块和死细胞碎片。如有必要，您还可以使用抗体对样本进行染色，标记细胞表面蛋白或其他生物分析物，或者通过FACS来富集感兴趣的细胞类型。解离样本时采取的具体步骤将根据您的起始材料和实验目标而定。也许需要额外的制备步骤，具体取决于组织质量、样本丰度、细胞大小，以及是否需要提取出细胞核进行染色质可接近性分析。无论具体的考虑因素如何，所有样本类型都遵循同一个基本原则，那就是生成高质量的单细胞悬液。北京10X Chromium X单细胞测序数据分析可视化

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