杭州空间转录组多组学测序

烈冰生物生信分析团队紧追国际前沿、整合添加多项国际期刊认可的空转分析工具，构建一套完整的数据分析流程；精心研发空转结果浏览器，可同步展示空间转录组与单细胞测序分析结果，详细深入地解析空间转录组数据。完成从Rawdata（原始数据）到Spot-Gene的具有定位信息的表达矩阵的过程后，就进入了空转的第二步，去进行Spot的Cluster的过程，熟悉单细胞测序的研究者知道，Cluster在单细胞测序中往往表示为细胞的类型，也就是说能聚在一起采用算法分为一个群体细胞是一个Celltype（当然分情况也会有不同）。而在空转中，也正是由于前面提到了细胞的非单一性，导致了这里的分群并不是单纯的同一细胞类型，而应该认为是具有相同细胞组成的点阵区域，或者说是近似的组织结构区域。空间转录组测序数据分析，认准烈冰NovelBrain生物信息数据分析平台。杭州空间转录组多组学测序

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍，保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP：1）碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团，用于区分ATCG；2）3端使用叠氮基团封闭，保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时，会通过高速荧光显微镜记录荧光图像，再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团，开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光，实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控，随着循环数的增大会出现不同步的情况，因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。空间转录组数据分析可视化烈冰开展了空间转录组、单细胞多组学以及空间转录组等多种产品在内的全套科研解决方案。

细胞在组织样本中的相对空间位置关系对于了解疾病病理学非常重要。但是scRNA-Seq在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构，无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题，通过记录组织切片细胞的空间信息，捕获组织切片中的组织学信息；通过免疫荧光进行蛋白组检测，将基因表达谱映射回组织样本中的原始位置，同时获得细胞/基因的空间表达特异性。该技术可以为神经科学，发育生物学，免疫生理学等领域的研究提供组织和基因表达情况的新视角。

为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整mRNA具有的poly（dA）序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针（RTL）与mRNA杂交。左侧探针（LHS）具有部分Read 2序列，右侧探针（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探针与mRNA杂交后彼此连接，而mRNA被RNase降解。组织透化后，被连接的成对探针与芯片上包含空间Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕获，并且空间Barcode和UMI序列被延伸到成对探针序列上。携带空间Barcode的探针序列用于进行测序文库构建和测序。测序序列上的空间Barcode用于将测序序列定位到组织切片图像上，UMI用于基因表达定量。烈冰测序服务已助力300余篇国际主流期刊研究文章发表。

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附加流式分选细胞表面Marker，对于较低分辨率的标志物也能有效鉴定，助力高要求测序项目。杭州空间转录组多组学测序

我国经济进入“新常态”，总体上推动单细胞测序，生物大数据云分析平台，空间转录组测序，单细胞多组学测序从粗放式增长向注重质量、效率方向转变。民间资本的进入也一定程度刺激我国单细胞测序，生物大数据云分析平台，空间转录组测序，单细胞多组学测序市场活力。社会对健康类产业的关注度越来越高，迫切需要对单细胞测序，生物大数据云分析平台，空间转录组测序，单细胞多组学测序的规模和结构进行核算。国外的谷歌、苹果等公司，国内的阿里巴巴、腾讯、万科、保利、平安人寿、万达等企业都根据自身优势扎根大健康领域。抛开服务型的公共服务属性，在市场环境中，企业竞争的秘诀是要创造稀缺，结合消费者高、中、低不同等级的需求，并成为难以替代的产品。目前全球销售产业发展主要有美国波士顿—剑桥的医药产业集聚区、德国图特林根的医药产业集聚区、日本富山县的医药产业集聚区、印度班加罗尔的仿制药产业集聚区等九大发展模式。而我国仍以医药服务和医药商品为主，整体收入规模偏小。在项目的加入上可以进行分摊，每一家集团的资本压力都会得到较大的减轻，这种具有组合资本优势的服务型项目也是很多资本重点关注的资本项目。杭州空间转录组多组学测序

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