在发育过程或疾病发生过程中,组织内部的不同细胞经历了复杂的生物学过程,因此,组织内部的异质性研究是目前揭示重要生物学研究的一个重要研究手段。组织内部的异质性包括细胞类型的异质性和空间位置的异质性两个层面,细胞类型异质性可由单细胞测序来完美呈现,而空间位置的异质性,则需要可高通量地检测全转录组空间信息的新型研究方法来解决。烈冰生物真正实现空间转录组测序的全程把控,做到从实验设计、空间信息标记、建库测序、定制化分析的全流程一站式服务,助力高分文章发表。空间转录组测序技术提供了空间转录组水平下的科学研究视角。宁波上海烈冰生物空间转录组测序服务公司
为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题,针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整mRNA具有的poly(dA)序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针(RTL)与mRNA杂交。左侧探针(LHS)具有部分Read 2序列,右侧探针(RHS)具有合成的poly(A)序列。左右探针与mRNA杂交后彼此连接,而mRNA被RNase降解。组织透化后,被连接的成对探针与芯片上包含空间Barcode、UMI和poly(dT)序列的引物序列捕获,并且空间Barcode和UMI序列被延伸到成对探针序列上。携带空间Barcode的探针序列用于进行测序文库构建和测序。测序序列上的空间Barcode用于将测序序列定位到组织切片图像上,UMI用于基因表达定量。深圳上海烈冰生物空间转录组数据分析烈冰生物全转录组测序通过双文库构建,实现多种RNA的一网打尽。
转录组分析指对细胞内所有转录产物的分析。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。
细胞在组织样本中的相对空间位置关系对于了解疾病病理学非常重要。但是scRNA-Seq在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构,无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题,通过记录组织切片细胞的空间信息,捕获组织切片中的组织学信息;通过免疫荧光进行蛋白组检测,将基因表达谱映射回组织样本中的原始位置,同时获得细胞/基因的空间表达特异性。该技术可以为神经科学,发育生物学,免疫生理学等领域的研究提供组织和基因表达情况的新视角。烈冰空间转录组,多平台任意选择,随心组合,优化您的科学研究,助力探索新的科学视角。
空间转录组测序在病理学中,通过添加基因表达维度,得出形态学结论,通过观察基因表达区域,了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学,研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征;免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析; 在神经科学,研究大脑皮层层状组织解析,揭示大脑皮层的结构-功能关系,正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层; 在发育生物学,通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征,解析组织中与形态形成相关基因;丰富基因表达的空间注释信息,创建组织发育的空间细胞图谱。烈冰专精空间转录组测序领域。宁波空间转录组商业化服务
个性化制定测序项目方面,满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。宁波上海烈冰生物空间转录组测序服务公司
烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机,搭配切片经验丰富的实验团队,可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案,保持密切高效的沟通,设计更适合的实验方案,确保每一个实验细节有效进行;烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统,更高清分辨率解析组织切片原始图像信息,10X,20X,40X,60X更多物镜选择,为不同大小的样本提供更清晰的图像,更精细的图像信息采集、拼接策略,为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像;宁波上海烈冰生物空间转录组测序服务公司
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