为了避免频繁命中化合物对实验干扰，许多实验方法，例如采用qHTS、ADP-Glo等更先进高通量筛选方法，或者采用交互实验验证等用于增强筛选结果可行度。此外，随着更多晶体结构发现分享和生物实验数据库整理，频繁命中化合物的探索变得更加可行。为人熟知且使用的就是PAINS（Pan-assay interference compounds）筛选规则。这是Baell等人在2010年基于六个不同靶点高通量筛选实验结果，并将其中频繁出现（≥4次）的化合物和相关结构总结为包含480个子结构的筛选规则。但这类规则主要针对的是化学易反应化合物，且PAINS规则本身也有很大局限性，因此，频繁命中化合物相关筛选预测工具的开发仍然是现今研究热点。在2017年，一篇由九名美国化学学会杂志主编联名发表的文章“The Ecstasy and Agony of Assay Interference Compounds”中强调了实验干扰引起的假阳性化合物的危害，告诫研究人员对筛选得出的阳性结果真实性需要反复确认，对潜在的假阳性结果需要提高警惕。为了更深入的了解频繁命中化合物和相关机制。高通量筛选研究现状。广东高通量筛选分析
荧光素和罗丹明等有机染料的寿命约为3-4ns，它们在连接到分子量在0.5-10kDa范围内的生物分子时为敏感。基于细胞水平的筛选的关键特征之一是可以一次筛选多个靶标。基于细胞的筛选常用于以下情况下：1)所需的分子靶标未知，2)靶标无法在生化测定中充分重组，3)所需的表型只存在于细胞环境中，例如从一种细胞类型分化到另一种细胞类型。基于细胞的检测贯穿于药物发现的所有阶段：靶标选择和验证、初步筛选、先导化合物识别、先导化合物优化以及安全和毒理学筛选。介绍一些细胞水平分析的方法：细胞活力、报告基因、第二信使和高内涵成像等。广东高通量筛选分析离子液体高通量筛选。
正如之前提到，在高通量筛选中Assay的检出方法有很多，用于衡量酶活性多的当属于荧光检出法和吸光度检出法。这两种方法都能非常便捷的与高通量进行匹配。但是这两种检出方法也有不适用的场景，比如吸光度检出法，在终点法测定（endpointassay）时，如果化合物库的吸收低于~410nm，实验的背景吸收会引入假阳性（false-positive）和假阴性（false-negative）结果。虽然假阳性结果可以通过动力学Assay或者验证Assay来解决，但是由于微量定量板有位于340~410nm的强吸收，所以仍旧会导致Z因子降低，直接结果就是较弱活性的苗头化合物将很难被筛选出来。而对于荧光检出法而言，自发荧光化合物库或者具有光敏特性的化合物库同样会遇到假阳性和假阴性结果。在某种程度上，选择合适的检出方法可以减少甚至避免上述问题，比如使用更长波段的光源，对于荧光检出来说，>500nm会是比较好的选择。
在报告基因检测(也称为信号通路检测)中，报告蛋白的序列编码是在相关通路的转录控制下引入的。通过荧光或光学读数监测报告基因的表达，通过这些指标来间接反应启动子的或抑制程度。观察到的信号是整个通路的产物，筛选的化合物可以在该通路上的任何点相互作用。常见的报告基因是CAT（氯霉素乙酰转移酶）、GAL（β-半乳糖苷酶）、LAC（β-内酰胺酶）、LUC（荧光素酶）和GFP。我们通常使用的为LUC（荧光素酶），但也可以使用其他报告基因。氨基酸菌种的高通量筛选。
化合物库的质量包括三个方面：多样性、有效浓度、化合物库大小。化合物库的多样性制约着苗头化合物的新颖性，而化合物的有效浓度则影响着活性化合物的检出概率。因此化合物库的多样性越大，化合物的有效浓度越高意味着苗头化合物检出率更有保证。但是两者之前需要有一个平衡，一个化合物库里单一化合物簇（Cluster）维持在4~12个化合物的时候，多样性和有效浓度都能得到保障。另外，对于化合物库大小而言，理论情况下（基于多样性、有效浓度以及靶点的成药难度基本一致的随机筛选而言），大的化合物库有利于发现更多的苗头化合物。但是基于此次有限的汇总数据来看（有4个化合物库达到了百万级（0.6M~1.8M）），定向化合物库（FocusLibrary）（图七中红色圈部分）由于其自身的特点检出率较好，而大的化合物库并没有带来更高的苗头化合物检出率以及更高质量的苗头化合物高通量筛选的检测技术。广西高通量筛选方法
小分子垂钓等高通量筛选。广东高通量筛选分析
高通量筛选作为主流的筛选技术，已得到了的应用。其他筛选技术，比如组合库(CombinatorialLibrary)和碎片化合物库(FragmentLibrary)筛选技术运用也相当，只是相较而言运用较少。另外，基于DNA编码化合库（DEL）技术的筛选文献报道也不多见，并且大都发表于2016年之后，很多研究工作仍处于待发表状态。正如2018年Brown和Boström所指出，TheJournalofMedicinalChemistry上所报道的66个临床化合物，就有1个是出自于DNA编码化合物库技术。广东高通量筛选分析
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