珠三角国产数字PCR分析应用

作为时下的热点技术，数字PCR是将核酸样品分配到大量单独、平行的微反应单元（nL，纳升级别）中，使得每个反应单元中尽可能含有1个模板分子，并在此基础上进行扩增、检测和分布统计，从而实现靶标分子的比较 计数。（图：数字PCR技术原理）根据微反应单元的不同形式，数字PCR产品可分为微板式、微滴式和芯片式等。目前，市场上主要的数字PCR产品主要是基于微滴式和芯片式，如Bio-Rad公司的QX200微滴式系统和ThermoFisher公司的QuantStudio系统等。与一、二代PCR技术相比，数字PCR具有很多优势：一是特异性、灵敏性均有显著提高；二是在不依赖内参和标准曲线的前提下，可直接得到比较 量化指标；三是微反应单元相互独立、封闭，避免了PCR抑制剂及不同核酸分子扩增产物间的相互干扰，准确度和可重复性较高。数字PCR通常采用大量分区。珠三角国产数字PCR分析应用

数字PCR平台的评价指标有：分割单元数，荧光通道数，操作复杂性和污染风险。但是重要的是检测准确性，评估数字PCR平台的一种方法是使用多个数字PCR平台互相验证，另一种方法是使用定值准确的标准物质。目前的三代的PCR技术各有各的优缺点，也各有各的应用领域，并不是一代取代一代的关系。技术的不断进步给PCR技术注入了新的活力，使其能解锁一个又一个的应用方向，使核酸检测更方便、更准确。目前dPCR仪器的价格仍然十分昂贵，但随着系统加工工艺的改进以及使用较便宜的材料，聚合成更小的体积[556]，其价格将会不断的降低，使其应用到更多的检测中。美国数字PCR分析应用使用数字PCR技术对436例非小细胞肺*样品进行检测，并挑选样本验证一致性。

产物越短，往往扩增效率越高。模板二级结构（Templatesecondarystructure）：PCR变性中和变性后的单链DNA不够稳定，容易自发折叠形成二级结构。应避免可形成稳定二级结构的模板链区域，因为如果模板链形成的二级结构在退火温度下稳定存在，定位在模板链二级结构处的引物将无法同模板链相结合。使用mfold可预测引物待结合的区域是否存在复杂的二级结构。设计引物时，尽量使引物定位在模板二级结构以外的序列上。避免具有4个以上相同的连续碱基的区域（Avoid>4repeatsofsamebases）：以避免延伸阶段聚合酶“滑动（PolymeraseSlippage）”。选择GC含量（GCContent）在50-60%之间的区域。如果高GC含量区域不可避免，可以尝试提高退火温度，并使用添加剂，例如甘油，

数字PCR的引物和探针设计规则同荧光定量PCR是类似的，具体规则如下：1、查找和选择目标序列设计引物和探针的第一步是得到感兴趣基因的核酸序列。找到基因保守区域：基因的保守区域是指来自同一属/种/亚型的、在某个基因上碱基序列差别很小或没有差别的区域。根据需要，使用ClustalX或ClustalW等软件对齐属于同一属/种/亚型的基因的一组序列，在对齐序列的保守区域设计引物，并确保引物结合位点处的保守序列与其它非待检测的属/种/亚型的碱基序列具有较大的差异。扩增产物长度（AmpliconLength）：可在75-200bp之间（产物长度=下游引物位置-上游引物位置+1）。PCR本质上是将一个传统的PCR反应分成了数万个PCR反应。

dPCR的结果统计方式有2种，一种是采用标记多种颜色，通过不同检测通道分辨不同颜色和强度，再根据分散液滴的数量计算待测基因的含量；另一种采用概率统计的数据处理方法，即通过泊松分布的方法对结果进行分析。应用概率统计分析数据和对数据处理方法的模型直接关系着结果的准确性和分析时间的长短。常用的统计方法是假设每个微反应单元的体积相同，根据泊松统计计算拷贝数，公式为：M=-Vx1n（1-x/）其中M是目标总拷贝数量；V是微反应单元数量；x是发光的微反应单元数量。通过“仪器+试剂”相互配合的方式，打出了数字PCR检测的“组合拳”。德国微滴式数字PCR原理

数字PCR在检测珍贵样品和样品核酸存在降解时具有明显的优势。珠三角国产数字PCR分析应用

全自动样本制备系统DMX-1000配备气流发生装置和气压控制装置，能够实现高精度压力控制，结合专利产品液滴生成芯片和微流控乳液滴生成技术，DMX-1000可以在70秒内快速、稳定、高效地生成大小均一的微乳液滴。微滴数量可达2万-60万个，粒径范围30-120μm，性能稳定。除此之外，锐讯还提供微流控芯片的定制服务，以满足不同的液滴数目和尺寸要求。平板式快速扩增仪TC-1000，不再使用传统的96孔板，而是特制的液滴扩增芯片；不再是传统的“烧开水”加热模式，代之以平板式单液滴层均匀受热的方式。在这样的改进之下，TC-1000完成40个PCR循环只需约45分钟（TC-2.0升级版更是把时间缩短到了25分钟！），大幅缩短了等待时间，提升了实验进度。这对实验人员而言，无疑是莫大的福利——高效完成工作，不加班——爱工作，也爱生活。珠三角国产数字PCR分析应用

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