基因疗法制造商面临的挑战与抗体疗法刚出现时单克隆抗体制造商面临的挑战相似。例如，在生产、储存和处理过程中，单克隆抗体也会受到低滴度、产品和工艺相关杂质和降解的挑战。尽管与重组单克隆抗体相比，单剂量AAV产品与工艺相关杂质相关的风险可能更低（取决于杂质的类型、剂量和给药途径），但这也不能忽视。由于这些相似性，制药商、化学品和辅料供应商有机会进行合作，并开发创新的解决方案，以实现稳健和成本效益高的AAV产品生产。高盐能够抑制AAV病毒载体聚集，提高AAV病毒载体产量。四川基因药物生产用高盐核酸酶70921-160
从国内来看，由于 AAV 基因药物研发管线绝大部分集中在眼科遗传病上，载体用量较小，三质粒共转染 AAV 系统足以满足未来的临床及商业需求，因此，国内的 AAV 生产系统主要以三质粒为主。然而，考虑到未来 AAV 基因药物在血液、神经系统、肌肉系统等领域的临床应用，三质粒系统显然难以胜任。如药明生基从国外收购了 OXGENE 的辅助腺病毒 AAV 生产系统 TESSA，据报道较三质粒系统有10倍的提升；而基因药物 CDMO 企业北京五加和基因则在国内率先采用了陈海峰博士的威洛克公司授权的Bac-to-AAV 系统，凭借公司在病毒载体领域持续30年的研发经验，不断摸索、试验，终于在临床级生产方面获得了巨大的成功，为 AAV 基因药物管线研发公司锦篮基因进行多批次临床 CDMO 代工生产。山西上海倍笃生物高盐核酸酶70921SAN HQ高盐核酸酶的改善效果与血清型无关。
近年来，AAV在cancer疾病的医治中显示出巨大的价值。AAV作为基因药物的载体已在肺、肝、眼、脑、肌肉等多个临床试验(超过100次)中得到应用，并在盲症和血友病方面取得了巨大成功。2012年，AAV1载体编码的脂蛋白脂肪酶成为欧盟批准的shou个用于医治脂蛋白脂肪酶缺乏症的基因产物(Glybera)。5年后，另一种AAV介导的基因药物(Luxturna)随后获准在美国上市。基于AAV9的基因疗(Zolgensma)也被用于医治脊髓性肌肉萎缩。腺病毒在基础和实验研究有这么强的生命力原因在于：宿主范围广，对人致病率低；腺病毒粒子相对稳定，病毒基因重排频率低；安全性高，不整合到染色体中，无插入致病基因，不干扰其他宿主基因。
三种AAV载体的生产体系（三质粒瞬转体系、杆状病毒表达载体体系以及包装细胞体系） 中都会出现三种衣壳：完整衣壳（full capsid）、部分衣壳（partial capsid），和空衣壳（empty capsid）。其中完整衣壳包含正确的DNA序列，是人们所期待的产品；部分衣壳和空衣壳包含部分不包含目的基因，属于生产中的杂质，约占细胞生产的总AAV颗粒的50%-90%。空衣壳/部分衣壳有如下几种危害：1), 影响产品的纯度，2), 增加终产品的免疫原性，3), 与完整衣壳竞争infection细胞上的载体结合受体，抑制完整衣壳的转导，4),增加总体病毒载量。部分衣壳与空衣壳地存在严重地影响了AAV产品的安全性和有效性，因此监管机构强烈建议在整个生产过程中监控空/完整衣壳比（空壳率）。在如抗体、病毒载体药物等的生产工艺流程中，核酸杂质的去除至关重要。
核酸酶活性受到很多因素影响，如盐浓度、pH、底物、温度等。因此，不同客户、不同项目中核酸酶的使用条件都不一样。目前，生物制药行业对Benonase全能核酸酶的使用比较熟悉，如生理盐或低盐浓度、脱盐操作等。对于AdV/AAV等项目，使用SAN HQ高盐核酸酶替代Benzonase时，只需提高反应体系总盐浓度到400mM-500mM即可，温度、Mg2+浓度等条件不用做任何调整，同样酶量的SAN HQ对宿主细胞DNA（HCD）的去除效果更好、病毒载体得率更高。经过工艺优化后，可以将SAN HQ高盐核酸酶的用量减少到原来的1/3-1/4，且HCD去除效果及产品得率更高。SAN HQ高盐核酸酶的检测标准，都符合USP-EP要求。甘肃高盐核酸酶70921-202
高盐浓度下，宿主DNA与蛋白质能够更高效解离，从而更容易被降解。四川基因药物生产用高盐核酸酶70921-160
综合腺相关病毒AAV制备的三个工艺阶段介绍，可以看出下游处理可以占病毒生产总成本的很大一部分，而且难度也是非常大，尤其是纯化过程。原因之一是由于有超过100种不同血清型的变体AAV衣壳，不同血清型的AAV蛋白存在差异。因此，各种血清型的表面特性增加AAV纯化难度。原因之二是：针对工艺和产品相关的杂质（包括宿主细胞物质，DNA和空衣壳），缺乏一个有效和可重复的平台方法，尤其是来从空衣壳中分离出完整的衣壳。为了解决以上问题，国内外大的药企公司都致力于纯化新产品的开发，以期达到：（1）实现病毒颗粒的分离（2）减少产品相关杂质（3）保持效力和产量的目标。四川基因药物生产用高盐核酸酶70921-160
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