在传统生物技术行业（如抗体、疫苗领域）使用的下游纯化工艺步骤，已经用于慢病毒的大规模下游处理。主要是基于膜(过滤/澄清，利用切向流过滤TFF进行浓缩/渗滤，基于膜的色谱)和色谱(离子交换色谱IEC，亲和色谱AC，体积排阻色谱SEC)的技术。这些不同的过程步骤的组合是可变的，在某些情况下，不同的纯化方法可以用于相同的目的。此外，采用benzonase/M-SAN HQ中盐核酸酶降解污染的DNA或者用于下游的一个步骤，或者用于病毒生产阶段。M-SAN HQ中盐核酸酶兼容常见细胞培养基，在多种培养基条件下去除核酸污染效率更高；安徽培养基条件中盐核酸酶70950-160
宿主细胞DNA残留的担忧是基于致ai风险理论，特别是生产细胞系所包含的致ai序列，比如较常见腺病毒基因E1A和E1B（HEK293, PerC.6 和CAP 细胞系），人乳tou瘤病毒E6和E7基因（HeLa细胞系)等。当使用致ai细胞系生产AAV时，下游纯化须尽可能减少残留DNA。工业上一般使用核酸酶分解残留DNA，普遍认为小于200 bp的DNA片段可有效降低致ai风险。宿主细胞蛋白残留与免疫原性、炎症或过敏性休克有关。尽管与非人类的生产原料相比（非人类细胞系如BHK21或昆虫细胞，以及辅助病毒如HSV、腺病毒、杆状病毒），人类细胞免疫原性比较弱。浙江M-SAN中盐核酸酶70950M-SAN HQ中盐核酸酶生产符合ISO 13485:2016规范，提供相关文件用于申报。
慢病毒载体既可以转导分裂细胞也可以转导非分裂细胞，被认为是安全的，并且可以提供长期的转基因表达，是目前较通用的基因转移方法之一。因慢病毒载体能有效地转导靶细胞，如造血干细胞和T细胞，在细胞和基因药物中的应用越来越guang泛。源自人类胚胎肾细胞的HEK293细胞系是成熟的生产LV的系统，因为它们非常适合悬浮培养并且易于转染。在无血清培养基中的悬浮培养在大规模生产中具有优势，因为它消除了批次之间的差异并降低了不定因子污染的风险。
文章作者对酶法去除dsDNA进行了优化研究，两种酶浓度梯度为25U/ml、50U/ml及100U/ml，Mg2+浓度为5mM，通过PicoGreen检测dsDNA含量。结果发现，25U/ml的M-SAN HQ中盐核酸酶对dsDNA去除效果明显优于100U/ml的Benzonase。此外，在酶切反应速度方面，M-SAN HQ有更明显的优势，——在低浓度底物dsDNA（如20ng/ml）条件下，50U/ml的M-SAN HQ在5分钟内将dsDNA降解到2ng/ml左右；而50U/ml的Benzonase在30分钟孵育消化后，dsDNA浓度依然是12ng/ml左右。致力于从深海microbe中识别新的冷适应酶，用于分子研究、IVD和biopharma领域。
大规模生产阶段，AAV/LV载体生产流程跟抗体、疫苗类药物的生产类似，主要包含上游培养、下游纯化及制剂部分。上游培养分为质粒开发、细胞扩增、三质粒共转染及病毒载体生产等步骤。下游纯化分为细胞裂解释放AAV病毒颗粒（可以通过去污剂、机械作用、高渗或冻融操作等）or收获细胞上清液得到含LV病毒原液、加入核酸酶以减少宿主细胞核酸污染、澄清是通过离心或过滤等方法去除细胞碎片和杂质等、超滤浓缩以减少后续色谱纯化体系、亲合及离子交换等纯化得到高纯度病毒载体。制剂部分主要是超滤更换缓冲液、过滤除菌及制剂灌装等。M-SAN HQ中盐核酸酶终产品经过0.22µm过滤；安徽培养基条件中盐核酸酶70950-160
宿主细胞DNA主要以染色质形态存在，其中组蛋白通过离子作用及疏水作用与DNA紧密结合；安徽培养基条件中盐核酸酶70950-160
此外，文章作者对每个步骤的样品进行纳米颗粒分析（NTA），结果发现：澄清环节后，M-SAN HQ中盐核酸酶和Benzonase处理组才出现比较明确的LV病毒颗粒峰；TFF处理后，回流液样品的LV病毒颗粒峰更加尖锐，表明病毒颗粒分散度更好、稳定性更高。回流液的NTA结果进一步表明，M-SAN HQ中盐核酸酶处理组只有一个病毒颗粒峰，而Benzonase处理组的回流液中有三个峰。作者推测Benzonase处理组的病毒颗粒还有严重的病毒团聚现象，而呈现多峰现象。安徽培养基条件中盐核酸酶70950-160
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