病毒宏基因组测序可直接对样本中的核酸进行高通量测序,鉴定样本中可能存在的病原菌,辅助临床决策。覆盖细菌、病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等13396种微生物;同时进行耐药基因检测,涵盖266种耐药菌,2984种抗性基因。宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用:发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方法的局限,可以直接以标本中所有的遗传物质为研究对象,从而能够快速地鉴定出标本中存在的病毒,形成了一门研究特定环境中病毒群落的新兴学科:病毒宏基因组学(宏病毒组)。DNA病毒基因组测序:动物、人、植物被特定病毒株侵染、分离到病毒株。武汉宏病毒学测序方法
宏基因组应用:特定生物种基因组研究使人们的认识单元实现了从单一基因到聚合基因的转变,宏基因组研究将使人们摆脱物种界限,揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。在目前的基因结构功能认识和基因操作技术背景下,细菌宏基因组成为研究和开发的主要对象。细菌宏基因组细菌人工染色体文库筛选和基因系统学分析使研究者能更有效地开发细菌基因资源,更深入地洞察细菌多样性。如宏基因组成为生物催化剂的新来源。病毒宏基因组测序是指通过高通量测序对整个环境中的病毒进行研究,以获得单个样品的饱和数据量,可进行病毒群体的物种分类、复杂度分析、群体结构分析、功能注释、样品间的病毒种类或基因差异分析。宏基因组测序研究摆脱了对病毒分离培养的限制,为环境中各种病毒的研究提供了有效工具,并可以通过宏基因组深度测序挖掘具有应用价值的基因资源。北京病原微生物多样性测序分析微生物鉴定可以用微生物对噬菌体的敏感性作为指标来鉴定微生物的种属。
在探普生物进行病毒宏基因组测序的流程非常简单,简而言之,客户只需要说清楚样品情况,准备样品即可,其他事宜都由探普来进行安排。大致流程如下:1)与销售人员沟通项目需求和样本情况;2)探普生物工作人员拟定项目合同,双方协商合同内容后签字盖章;3)按样本准备指南准备好样本,填写信息单后通知销售人员预订干冰,安排样本寄运输;4)客户支付项目启动款,探普生物启动项目实验和分析并提供测序报告;5)客户支付项目尾款,探普生物提交测序数据和分析结果;6)售后问题处理,项目结题。
病毒是引发人畜共患病的主要病原体之一,伴随环境、生态和人类行为等各方面因素的变化,新发人畜共患病也呈现逐年递增的趋势,它们极大地威胁着人类和动物的健康和生命,并给畜牧业和农业的健康发展以及自然界生态链的平衡带来危害及灾难。然而,许多新发人畜共患病的病原初往往是未知的,如1986年的牛海绵状脑病、1999年的尼帕病毒、2003年的SARS冠状病毒、1997至今不断变异的高致病性禽流感H5和H;7、2009年的甲型H1N1、2010年的新型布尼亚病毒,它们都经历了一个从未知到己知的探索过程。为此,及早地发现,鉴别未知的或新出现的病原,是有效预防和控制传染病的先决条件之一。传统的诊断技术已不能满足提前预警或快速诊断新发人畜共患病的需求。近年来,病毒宏基因组学的出现和兴起,为人类诊断新发人畜共患病和探索潜在的病原提供了巨大的帮助。传统病原微生物检测方法是生化方法。
病毒宏基因组:宏基因组学或元基因组(metagenomics),其定义为“Thecollectivegenomesofsoilmicroflora”。该学科可追溯到第1次提出环境基因组学的概念,在对太平洋浮游生物进行系统分类时构建了第1个噬菌体文库,并发现了15种全新的细菌序列。宏基因组学概念是“土壤中所有微生物基因组的总和”命名为土壤宏基因组,系统给出了宏基因组的概念,提出针对特定环境样品中遗传物质总和进行非培养研究。对宏基因组进一步概括为“应用现代的分子生物学技术直接从环境中获取的目的微生物群落基因组,叫宏基因组”。对病毒全基因组进行测序,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列。武汉宏病毒学测序方法
由于微生物是对无菌性的重大威胁,对环境微生物的准确鉴定通常是制药行业良好的生产实践(GMP)要求。武汉宏病毒学测序方法
传统上,人类血液被认为是无菌的。微生物血浆细胞游离DNA(mcfDNA)可能有两种来源,包括微生物(细菌,病毒或噬菌体)的易位,这是指属于人类微生物组的微生物细胞或其组成部分通过与外部环境连通的上皮粘膜进入循环系统。另外,当组织粘膜被局部传染(例如口腔,肺和皮肤传染)或物理损伤(例如侵入性的手术或意外伤害)破坏时,侵入性的病原体可能会偶然进入血液,在严重的情况下引起菌血症或病毒血症。一旦进入循环系统,微生物核酸就会通过循环核酸外切酶被降解,然后形成小的DNA的片段,即微生物血浆细胞游离DNA(mcfDNA)。mcfDNA是一种新兴的传染性疾病诊断生物标志物。尽管绝大多数cfDNA来自于患者自身的细胞,但在急性传染期间可从血浆中检测到微生物病原体的微量物质。武汉宏病毒学测序方法
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