徐州微量荧光定量PCR原理及步骤

Real-time PCR原理：基于探针的化学法，Real-time PCR应用一个或多个荧光标记的寡核苷酸探针检测PCR扩增产物；依赖荧光能量共振传递（FRET）检测特异性扩增产物，单单检测特异性扩增产物，DNA及RNA定量；基因表达验证；等位基因鉴别；SNP分型；病原体和病毒检测；多重PCR，探针和目标片段的特异性结合产生荧光信号，因此减少了背景荧光和假阳性；探针可标记不同波长的荧光基团，用于多重PCR反应。对于不同的靶序列需要合成不同的探针，原料成本较高。Real-time PCR在实验过程中注意避免mRNA的断裂。徐州微量荧光定量PCR原理及步骤

PCR的反应条件：dNTP浓度过高会加快反应速度，但同时还可以增加碱基的错误掺入率。引物浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增。TaqDNA聚合酶浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增，低则合成产物量减少。TaqDNA聚合酶无校正功能，掺入错误率达2*E-4个核苷酸，一个30个循环的扩增反应0.1%-0.25%总错误率。在90～95度下可使整个基因组的DNA变性为单链。一般94～95度30～60s。时间过长使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破坏增多。DNA很快冷却到40～60度使引物和模板结合。引物长度在15～25时退火温度。热启动/冷完成聚合酶链反应是通过新的杂合聚合酶实现的，这些酶在环境温度下不活跃。台州微量Real-time PCR实时荧光定量PCR无需内标是建立在两个基础之上的。

Real-time PCR：使用Real-time PCR进行基因检测,被普遍应用于病毒和病原菌检测、转基因食品检测、遗传病基因检测等领域。一般首先需要利用专业使用的试剂盒从待检样品中提取其核酸（DNAorRNA），并经过精制等复杂的操作（通常称为前处理操作）之后才可以进行Real-time PCR。不易受反应阻害物的影响，使用时不需要进行复杂的前处理操作，单单需将待检样品直接加入到检测试剂中即可开始检测。通过使用本产品，可以在更短的时间内，简便、低成本地进行Real-time PCR检测。

Real-time PCR链式反应的常见问题：靶序列变异：如靶序列发生突变或缺失，影响引物与模板特异性结合，或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列，其PCR扩增是不会成功的。假阳性：出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行PCR扩增时，扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。出现片状拖带或涂抹带：PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶量过多或酶的质量差，dNTP浓度过高，Mg2+浓度过高，退火温度过低，循环次数过多引起。其对策有：减少酶量，或调换另一来源的酶。②减少dNTP的浓度。适当降低Mg2+浓度。增加模板量，减少循环次数。聚合酶链式反应准备：PCR所用的酶主要有两种来源：Taq和Pfu，分别来自两种不同的噬热菌。实时荧光定量PCR的定量方法，在Real-time PCR中，模板定量有两种策略。

Real-time PCR：基线（baseline)：通常是3－15个循环的荧光信号，同一次反应中针对不同的基因需单独设置基线。阈值（threshold)：自动设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。手动设置：置于指数扩增期，刚好可以清楚地看到荧光信号明显增强。同一次反应中针对不同的基因可单独设置阈值，但对于同一个基因扩增一定要用同一个阈值。Ct值：与起始浓度的对数成线性关系，分析定量时候一般取Ct:15-35.太大或者太小都会导致定量的不准确。相对定量：通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因之间的表达差异,一般是2-△△Ct。或者是考虑扩增效率的Pfaffl法。Real-time PCR探针法普遍用于人类传染病的诊断和病原定量。常州分子生物学定量PCR研究方案

Real-time PCR在实验过程中为了防止非特异性扩增，必须设阴性对照。徐州微量荧光定量PCR原理及步骤

Real-time PCR链式反应：每次循环都得加入新的DNA聚合酶，不但操作烦琐，而且价格昂贵，制约了PCR技术的应用和发展。耐热DNA聚合酶-Taq酶的发现对于PCR的应用有里程碑的意义，该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活，不需要每个循环加酶，使PCR技术变得非常简捷、同时也降低了成本，PCR技术得以大量应用，并逐步应用于临床。多重连接依赖探针扩增允许用单个引物对扩增多个靶标，从而避免多重PCR的分辨率限制。引物的设计注意事项：1，注意引物设计好后的产物长度。Real-time PCR的较佳产物长度在150-250kb左右（书上说这样可以增加荧光的敏感度，减少实验误差，但是我对这个说法持怀疑态度。产物长度越大，SYBR嵌入的越多，这样才能够保证之后的荧光值比较可信）。2，不同的管家基因扩增效率不同。所以在做整个实验之前应该做一次检测扩增效率的实验。如果扩增效率相差太大，就不能使用delt，deltCt法来比较基因表达量的高低。徐州微量荧光定量PCR原理及步骤

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