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Real-time PCR双荧光标记探针设计原则：具体的其他要求可以具体联系设计公司，拿到合成好的引物，需要先确认引物的性能。可以用这对引物先扩增梯度稀释后的标准品（标准品介绍见后续内容）。由不同梯度标准品的加量和其对应的Ct值，描绘出一条标准曲线。这里要注意根据标准曲线得到的参数是非常重要的。引物性能确认：1.决定系数R2大于0.98，越接近于1，结果越可靠。2.扩增效率一般要求在0.8-1.2，越接近于1，越好。3.检测的灵敏度，必须确认，通常要求35个循环以内，一般可以得到比较好的定量结果，30个循环以内，没有非特异性扩增产生。4.NTC是必须要确认的，通常要求30个循环内没有引物二聚体产生。实时荧光定量PCR是一种采用外标准曲线定量的方法。连云港细胞数字PCR网站

Real-time PCR-传统定量PCR：1）内参照法：在不同的PCR反应管中加入已定量的内标和引物，内标用基因工程方法合成。上游引物用荧光标记，下游引物不标记。在模板扩增的同时，内标也被扩增。在PCR产物中，由于内标与靶模板的长度不同，二者的扩增产物可用电泳或高效液相分离开来，分别测定其荧光强度，以内标为对照定量待检测模板。2）竞争法：选择由突变克隆产生的含有一个新内切位点的外源竞争性模板。在同一反应管中，待测样品与竞争模板用同一对引物同时扩增（其中一个引物为荧光标记）。武汉实时Real-time PCR供应商嵌套式PCR在特异性扩增长DN段方面通常比传统PCR更成功，但它需要更详细的目标序列知识。

Real-time PCR相对定量中的标准曲线法如何进行：主要是相对定量标准品的制作，一般有三种方法：1、比较复杂的方法：质粒，采用Biotnt提供内参基因的特异性Real-time PCRmRNA引物，对目的基因进行Real-time PCR实验，得到PCR扩增产物；PCR扩增产物转入质粒中，得到相对定量的标准品；2、一般采用的方法1：比较强的CDNA模板，3、一般采用的方法：PCR扩增产物，如果在方法2中找不到比较强的CDNA模板，则选用PCR产物作为相对定量的标准品也是可以的；需要注意的事项是：PCR产物浓度很高，而Real-time PCR的产物片段比较短，容易在稀释的过程中造成PCR污染，要注意操作。

PCR的反应条件：dNTP浓度过高会加快反应速度，但同时还可以增加碱基的错误掺入率。引物浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增。TaqDNA聚合酶浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增，低则合成产物量减少。TaqDNA聚合酶无校正功能，掺入错误率达2*E-4个核苷酸，一个30个循环的扩增反应0.1%-0.25%总错误率。在90～95度下可使整个基因组的DNA变性为单链。一般94～95度30～60s。时间过长使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破坏增多。DNA很快冷却到40～60度使引物和模板结合。引物长度在15～25时退火温度。热启动/冷完成聚合酶链反应是通过新的杂合聚合酶实现的，这些酶在环境温度下不活跃。聚合酶链式反应可看作是生物体外的特殊DNA复制。

聚合酶链式反应的试验污染：PCR反应的很大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性，但令人脑袋不适的问题是易污染，极其微量的污染即可造成假阳性的产生。污染原因：标本间交叉污染：标本污染主要有收集标本的容器被污染，或标本放置时，由于密封不严溢于容器外，或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染；标本核酸模板在提取过程中，由于吸样污染导致标本间污染；有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散，导致彼此间的污染。PCR试剂的污染：主要是由于在PCR试剂配制过程中，由于加样、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。如果基因的基因组DNA序列是已知的，逆转录-聚合酶链反应可以用来绘制基因中外显子和内含子的位置。序列间特异性聚合酶链反应放大简单重复序列之间的区域，以产生扩增片段长度的独特指纹。武汉特殊样本Real-time PCR研究方案

实时荧光定量PCR无需内标是建立在两个基础之上的。连云港细胞数字PCR网站

聚合酶链反应注意事项：在实验过程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。在总RNA的提取过程中，注意避免mRNA的断裂；为了防止非特异性扩增，必须设阴性对照；内参的设定主要为了用于靶RNA的定量。常用的内参有G3PD（甘油醛-3-磷酸脱氢酶）、β-Actin（β-肌动蛋白）等。其目的在于避免RNA定量误差、加样误差以及各PCR反应体系中扩增效率不均一各孔间的温度差等所造成的误差；PCR不能进入平台期，出现平台效应与所扩增的目的基因的长度、序列、二级结构以及目标DNA起始的数量有关。故对于每一个目标序列出现平台效应的循环数，均应通过单独实验来确定；防止DNA的污染：采用DNA酶处理RNA；在可能的情况下，将PCR引物置于基因的不同外显子，以消除基因和mRNA的共线性。聚合酶链反应可以选择这些突变来理解蛋白质是如何完成其功能的，并改变或改善蛋白质功能。连云港细胞数字PCR网站

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