空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段：1.数据的预处理部分；2.Spot点阵的分群与定义；3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺，其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右...

SingleCellSequencing技术，即利用优化后的高通量测序技术（NGS，NextGenerationSequencing）分析每一个单个细胞的序列信息，从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。那么问题来了，如何获得单个细胞？如果无法获得单个细胞这一切都是不成立的；如何获得大批量的单个细胞？单个组织细胞群...

作为单细胞测序的一个重要里程碑，10xgenomic公司于2016年2月推出10xChromiumSingleCellGeneExpressionSolution，此平台整合了仪器、试剂盒和信息学软件，能精确对接illumina测序仪，因此可实现大量大细胞的快速高效标记、测序和分析，获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况，并通过对复杂细胞群...

烈冰生物BDRhapsody平台，采用精简的工作流程助力您的实验成功：1.制备单细胞悬液：可使用碧迪医疗单细胞多样本分析试剂盒和/或BDAb-seq寡核苷酸偶联抗体(Ab-Oligos)将细胞染色2.微孔板预充和处理:使用自动移液器进行液体交换3.单细胞捕获工作流程:(1)细胞上样:上样575微升细胞悬液；系统未采用微流体通道设计，无需担...

烈冰生物在上海、北京、广州、西安、江西等多地部署单细胞测序实验组中心，多地部署搭建BDRhapsody单细胞实验平台，基于微孔的强大的高通量单细胞分析系统，为您提供可靠的单细胞分析工作流程，该系统可通过简单的唯恐把工作流程和多重条码标记系统，对高通量单细胞进行多组学的信息捕获，由此捕获的信息科进一步生成各种类型的二代测序（NGS）文库。之...

如在现有研究方法基础上，进行特定亚细胞区域的蛋白质组学、相互作用蛋白质组学以及某种特定翻译后修饰类型的蛋白质组学的研究等。这将有助于诸多生化过程以及致病机理的全新认识与发现。随着基于单细胞蛋白质组学质谱研究方法的不断发展，单细胞分析方法的灵敏度、蛋白质的覆盖度、细胞通量、空间分辨率以及多组学的兼容能力会不断突破我们的认知极限。更重要的是，...

针对单细胞测序的细胞数量判断环节：主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。过滤标准：由于细胞破碎后游离RNA会释放到环境或孔中，并且测序中也会存在一些死细胞，导致数据存在background值。因此，我们需要设定一定的标准来过滤掉假细胞或死细胞。以10×Genomics为例，细胞数量判断主要通过分析UMICounts-Barc...

烈冰科技专注为科研学者提供专注的测序数据分析服务，先后经历基因芯片时代、基因测序、转录组测序时代...在科技日新月异的洪流中始终独占鳌头。2018年以来，单细胞测序进入发展的快车道，烈冰作为国内首批引进单细胞实验双平台的公司，依托自主研发的NovelBrain®生物大数据分析平台，为用户提供一站式全流程的单细胞测序服务和解决方案。4年的单...

空间转录组测序与单细胞测序的结果不同，这里存在一个概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空间转录组片子上组织覆盖的有效的spot位点。这个有效Spot的筛选标准是有UMI以及有序列表达。那么这个时候，贴片的质量就成为了制约空间转录组有效区域的要点了。如果组织没有很好地覆盖到空转片上，那么容易出现虽然有HE染色有组织...

空间转录组测序与单细胞测序的结果不同，这里存在一个概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空间转录组片子上组织覆盖的有效的spot位点。这个有效Spot的筛选标准是有UMI以及有序列表达。那么这个时候，贴片的质量就成为了制约空间转录组有效区域的要点了。如果组织没有很好地覆盖到空转片上，那么容易出现虽然有HE染色有组织...

空间转录组测序在病理学中，通过添加基因表达维度，得出形态学结论，通过观察基因表达区域，了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学，研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征；免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析； 在神经科学，研究大脑皮层层状组织解析，揭示大脑皮层的结构-功能关系，正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相...

细胞中基因的表达是严格按照时间和空间顺序发生，因此细胞类型和基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过收集不同时间点的样本进行单细胞转录组测序来分析。但是单细胞测序结果动辄上百G数据量，庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求，单细胞转录组测序（scRNA-Seq）在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构，无法给出固...