传统上，人类血液被认为是无菌的。微生物血浆细胞游离DNA（mcfDNA）可能有两种来源，包括微生物（细菌，病毒或噬菌体）的易位，这是指属于人类微生物组的微生物细胞或其组成部分通过与外部环境连通的上皮粘膜进入循环系统。另外，当组织粘膜被局部传染（例如口腔，肺和皮肤传染）或物理损伤（例如侵入性的手术或意外伤害）破坏时，侵入性的病原体可能会偶然进入血液，在严重的情况下引起菌血症或病毒血症。一旦进入循环系统，微生物核酸就会通过循环核酸外切酶被降解，然后形成小的DNA的片段，即微生物血浆细胞游离DNA（mcfDNA）。mcfDNA是一种新兴的传染性疾病诊断生物标志物。尽管绝大多数cfDNA来自于患者自身...

一直以来宏基因组技术都是在细菌领域使用，病毒的样本收集困难、文库构建繁琐、数据库不完善，因此宏基因组技术未能获得普遍应用。生物进行病毒宏基因组测序，样品具备什么条件才可以获得比较质量的宏基因组分析效果？其他公司对用于测序的样本的要求较高。而在探普生物进行病毒宏基因组测序，基于探普的专有流程，样本要求非常低，不要求总量到达微克，探普有专门的收样标准和送样流程。为了保证后续数据的有效利用率，需要客户配合完成合格的取样步骤和样本前处理步骤。当然探普也提供适当的样本处理服务。核酸性质有RNA和DNA之分，核酸链还有单双链之分，而核酸本质不同和单双链的不同，进行同样的实验步骤其效率也不一样。由于各种微生...

病毒宏基因组学（Viralmetagenomics）是宏基因组学的一个分支，指研究特定环境中的病毒群落的一门技术。近年来随着新测序技术的不断发展，尤其是第二代、第三代测序仪的出现，使病毒宏基因组学发展尤为迅速。对海洋中病毒群体进行了研究，阐明海水中病毒群体以噬菌体为主，并且是应用宏基因组学分析人粪便中不能培养的病毒群落，标志病毒宏基因组学的开端。病毒宏基因组学这一概念，其描述的是环境中的病毒群落―噬菌体。再次提到病毒宏基因组学这一概念，并对宏基因组学挖掘新病毒的方法进行了阐述，侧重于人和动物机体中的真核病毒群落。未知病原微生物样本需要经历：核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这三大基本流程才能完...

宏基因组测序的挑战：背景干扰：病原样本深藏在大量宿主和其它微生物之内，临床病原常为起始量低，背景噪音大的复杂样本，大量宿主信号掩盖了微量病原信号，致使敏感性偏低，难以有效区分。另外，因为RNA病毒需先转化为互补DNA(cDNA)再进行测序，因此病原宏基因组测序技术对RNA病原体检出率比DNA病毒更低。可以考虑对核酸样本进行特殊的处理，对病毒序列进行特异性富集，再进行建库测序。质量控制：病原宏基因组测序技术涉及一系列繁琐的实验操作过程，例如文库构建涉及到基因组打断，测序接头链接，全基因组扩增等多个步骤，每一步骤的目标是要每个分子都以相同的效率执行每个步骤，打断有损失，连接有差别，扩增有偏好，都会...

病毒宏基因组测序研究案例：噬菌体是粪便病毒组的主要成员，粪便病毒组移植（FVT）或能有效的调节肠道菌群。在该项概念验证试验中发现，接受瘦小鼠的粪便病毒组移植后，饲喂高脂食物的小鼠体重增长变慢，同时还能保持正常的血糖指标，FVT引起的肠道菌群变化介导了这些保护性功能代谢作用。这项研究表明，FVT疗法或能用来改善肥胖和糖尿病等肠道菌群相关代谢类疾病。对噬菌体不造成损伤，大程度保证了病毒活性，适用于下游FVT研究。宏病毒组学(ViralMetagenomics)是宏基因组学的一个分支，但与传统的宏基因组学概念不同，它是在宏基因组学概念的基础上，结合病毒自身的特点，将宏基因组学方法应用到病毒学领域而形...

宏基因组测序的挑战：背景干扰：病原样本深藏在大量宿主和其它微生物之内，临床病原常为起始量低，背景噪音大的复杂样本，大量宿主信号掩盖了微量病原信号，致使敏感性偏低，难以有效区分。另外，因为RNA病毒需先转化为互补DNA(cDNA)再进行测序，因此病原宏基因组测序技术对RNA病原体检出率比DNA病毒更低。可以考虑对核酸样本进行特殊的处理，对病毒序列进行特异性富集，再进行建库测序。质量控制：病原宏基因组测序技术涉及一系列繁琐的实验操作过程，例如文库构建涉及到基因组打断，测序接头链接，全基因组扩增等多个步骤，每一步骤的目标是要每个分子都以相同的效率执行每个步骤，打断有损失，连接有差别，扩增有偏好，都会...

病原体-宏基因组测序:1.开发了一种经过验证的临床mNGS检测方法，用于在许可的微生物实验室中诊断脑脊髓液（CSF）引起的脑膜炎和脑炎的传染原因。2.开发了定制的生物信息学管道SURPI+，以快速分析mNGS数据，生成检测到的病原体的自动摘要，并提供用于评估和解释结果的图形用户界面。3.mNGS提供了一种全方面的方法，通过该方法可以在一次测定中准确鉴定几乎所有潜在病原体-病毒，细菌，寄生虫。4.将mNGS测试迁移到临床微生物学实验室仍然面临许多挑战：1、缺乏用于mNGS临床验证的既定蓝图；2、难以将病原体从殖民者或污染物中区分开；3、缺乏专为临床诊断使用的生物信息学软件；4、注重质量和全方面性...

基因测序技术在此次中起到了至关重要的作用，我国科研单位在一个月之内迅速发现了正确的致病病毒并完成测序，得到了WHO的赞许。我国科学研究者对病毒序列、变异、核酸检测手段的分享也为全世界应对COVID-19带来了极有力的支持。在病毒检测过程中，一种测序技术获得了市场的普遍关注，这个技术就是宏基因组测序（mNGS）技术。宏基因组学（Metagenomics），是以特定环境样品中整个微生物群落基因组作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本的DNA进行高通量测序。对于临床而言，mNGS可以准确的分析患者样本全部微生物，这一点对于传染性疾病的病原体研究具有极高的应用价值。全基因组预测的意义揭示了人类生...

在政策促进下，未来3—5年内，我国将在医药、保养短缺地区建设一批高水平临床医治中心、高层次的人才培养基地和高水平的科研创新与转化平台，培育一批品牌优势明显、跨区域提供高水平服务的集团。根据病毒测序，病毒全基因组测序，病毒宏基因组测序，未知病原鉴定相关领域极新技术发展趋势，《2019年本》在鼓励类条目中新增了新型技术开发和应用的有关内容。例如，在化学原料药领域增加了“连续反应”等技术，在技术领域增加了“基因医治”和“抗体偶联”等技术，在药用包装材料领域增加了中性硼硅药用玻璃”等新型材料与技术的开发应用，在医药领域增加了“人工智能辅助医药设备”等新技术内容。病毒全基因组测序产品特点：基于PCR技术...

宏基因组应用：特定生物种基因组研究使人们的认识单元实现了从单一基因到聚合基因的转变，宏基因组研究将使人们摆脱物种界限，揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。在目前的基因结构功能认识和基因操作技术背景下，细菌宏基因组成为研究和开发的主要对象。细菌宏基因组细菌人工染色体文库筛选和基因系统学分析使研究者能更有效地开发细菌基因资源，更深入地洞察细菌多样性。如宏基因组成为生物催化剂的新来源。病毒宏基因组测序是指通过高通量测序对整个环境中的病毒进行研究，以获得单个样品的饱和数据量，可进行病毒群体的物种分类、复杂度分析、群体结构分析、功能注释、样品间的病毒种类或基因差异分析。宏基因组测序研究摆脱了对病毒分离培...

上海探普生物科技有限公司对样本进行宏病毒组测序有什么优势？全国开设病毒宏基因组测序的公司不超过3家，只有探普生物是专门为病毒研究者服务的，探普生物的研发团队和实验团队都来自全国各地病毒学、微生物学专业的高校，硕士及以上学历成员超过60%，团队具备普通测序实验和分析基础之外，同时具备病毒学及微生物学的学术背景，相当了解病毒相关样本情况、研究方向等。研究者在项目咨询的时候就可以明显感觉到探普生物的专业性，沟通顺畅，省时省力。生化方法检测病原微生物实际上是测定微生物特异性酶。广东病原微生物多样性分析要多久传统微生物检测由于时间长、阳性率低、检测目标单一，限制了传染疾病的诊治。宏基因组测序技术不依赖于...

病毒宏基因组学的研究过程主要包括以下3个步骤：样品的处理、病毒宏基因组学文库构建和数据分析与处理。样品的制备较关键的是样品的处理、遗传物质的分离和富集。样品的制备关键应做到提取能够表示该环境的高纯度样本，并除去非病毒核酸细胞和遗传物质的干扰。富集微生物及去除非目的性的细胞和遗传物质是分离高质量的遗传物质的前提，提取高纯度的表示特定环境中的遗传物质是宏基因组学研究过程中的难题。正切流过滤系统、差异过滤、梯度离心、空心纤维过滤、DNA酶和RNA酶处理、序列非依赖的单引物扩增（Sequence-independentsingleprimeramplification，SISPA）等技术可用于样品的制...

人类想要征服新发人畜共患病，只有提前发掘潜在的新的致病的病原，并针对新病原进行基因组分析、流行病学调查、疫苗和抗体的开发等方面的研究。病毒宏基因组学是在宏基因组学基础上发展起来研究特定环境中病毒的新兴技术，该技术结合深度测序技术（第二代、第三代测序技术）已经在人类、动物、特定环境中挖掘出大量的新病毒，该技术不依赖于病毒培养及病毒序列，在国内外被普遍应用于新发人畜共患病病原的挖掘与临床诊断。总之，随着病毒宏基因组学与各种新的分子生物学技术及深度测序技术的结合，该技术展现了区别于传统病毒诊断技术的优势，而该技术对动物病毒的挖掘及其他领域的应用将更加普遍。病毒全基因组测序产品特点：独特的定量技术，实...

在政策促进下，未来3—5年内，我国将在医药、保养短缺地区建设一批高水平临床医治中心、高层次的人才培养基地和高水平的科研创新与转化平台，培育一批品牌优势明显、跨区域提供高水平服务的集团。根据病毒测序，病毒全基因组测序，病毒宏基因组测序，未知病原鉴定相关领域极新技术发展趋势，《2019年本》在鼓励类条目中新增了新型技术开发和应用的有关内容。例如，在化学原料药领域增加了“连续反应”等技术，在技术领域增加了“基因医治”和“抗体偶联”等技术，在药用包装材料领域增加了中性硼硅药用玻璃”等新型材料与技术的开发应用，在医药领域增加了“人工智能辅助医药设备”等新技术内容。每种病毒都有相应的病毒试剂和测定方法。深...

在探普生物进行病毒宏基因组测序的流程非常简单，简而言之，客户只需要说清楚样品情况，准备样品即可，其他事宜都由探普来进行安排。大致流程如下：1)与销售人员沟通项目需求和样本情况；2)探普生物工作人员拟定项目合同，双方协商合同内容后签字盖章；3)按样本准备指南准备好样本，填写信息单后通知销售人员预订干冰，安排样本寄运输；4)客户支付项目启动款，探普生物启动项目实验和分析并提供测序报告；5)客户支付项目尾款，探普生物提交测序数据和分析结果；6)售后问题处理，项目结题。病毒全基因组测序产品特点：不预设目标检出物，样本的所有病原信息一网打尽。宏基因学测序分析上哪找病毒是地球上数量多的生物实体，其中细菌病...

病毒宏基因组测序研究案例：噬菌体是粪便病毒组的主要成员，粪便病毒组移植（FVT）或能有效的调节肠道菌群。在该项概念验证试验中发现，接受瘦小鼠的粪便病毒组移植后，饲喂高脂食物的小鼠体重增长变慢，同时还能保持正常的血糖指标，FVT引起的肠道菌群变化介导了这些保护性功能代谢作用。这项研究表明，FVT疗法或能用来改善肥胖和糖尿病等肠道菌群相关代谢类疾病。对噬菌体不造成损伤，大程度保证了病毒活性，适用于下游FVT研究。宏病毒组学(ViralMetagenomics)是宏基因组学的一个分支，但与传统的宏基因组学概念不同，它是在宏基因组学概念的基础上，结合病毒自身的特点，将宏基因组学方法应用到病毒学领域而形...

用二代测序对样本进行宏病毒组测序有哪些挑战？二代测序技术基本流程是核酸纯化-文库构建-生物信息学分析。用二代测序对样本进行宏病毒组测序，每一步都是很大的挑战。无论是来自肠道还是水体或者土壤，样本都会伴随基因组数倍于病毒的细菌和宿主细胞。为了提高数据有效利用率，首先，样本处理和核酸纯化需要有的放矢。文库构建时，由于病毒基因组核酸存在多种可能，建库成本的把控、文库保真度、建库成功率对于生产者和研究者都是极大的挑战。而生信分析，由于病毒并不像细菌一样研究透彻，具备庞大的数据库，目前国内外的分析水平也是参差不齐。病毒的全基因组测序以及对应的生物信息学分析方法是研究病毒进化、毒力因子变异、疫病爆发之间的...

病毒是地球上数量多的生物实体，其中细菌病毒(即噬菌体)约有1031个类群，从海洋到陆地再到人体几乎都是它们的栖息地。研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员，人体内主要包括真核病毒和噬菌体，包括双链DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，单链DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。随着对病毒研究的普遍开展，“病毒组”与“病毒组学”的概念也应运而生，这些术语分别涵盖了栖息在生态系统中的所有病毒及其基因组和对它们的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根据病毒不同的特征进行分类，包括病毒的宿主范围；病毒的形态学；病毒的基因组大小；...

近年来，随着测序技术的发展，对微生物群（微生物组）的研究逐渐加深，研究热点越来越多集中于环境和生物体相互作用的微生物群。加之测序成本降低，分析技术不断提升，都使得宏基因组测序技术得到普遍应用。为什么要做宏基因组：宏基因组相对16S来说其物种分辨率会更高，随着物种测序完成越来越多，数据库更加完善，在肠道菌群方面基本能实现97%以上的菌都能鉴定到种，90%以上到菌株层面。而且可以同时获得除RNA病毒外的所有物种的分布。此外包括菌基因组CNV等方法的出现，可以直接通过大规模宏基因组测序不仅找到可能的菌，进一步还能鉴定出特定候选基因区段。快速检测方法是指从样品制备到出具检测结果的整个检测过程能够在短时...

传统上，人类血液被认为是无菌的。微生物血浆细胞游离DNA（mcfDNA）可能有两种来源，包括微生物（细菌，病毒或噬菌体）的易位，这是指属于人类微生物组的微生物细胞或其组成部分通过与外部环境连通的上皮粘膜进入循环系统。另外，当组织粘膜被局部传染（例如口腔，肺和皮肤传染）或物理损伤（例如侵入性的手术或意外伤害）破坏时，侵入性的病原体可能会偶然进入血液，在严重的情况下引起菌血症或病毒血症。一旦进入循环系统，微生物核酸就会通过循环核酸外切酶被降解，然后形成小的DNA的片段，即微生物血浆细胞游离DNA（mcfDNA）。mcfDNA是一种新兴的传染性疾病诊断生物标志物。尽管绝大多数cfDNA来自于患者自身...

传统微生物检测由于时间长、阳性率低、检测目标单一，限制了传染疾病的诊治。宏基因组测序技术不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略。宏基因组测序以无需纯化培养、能够快速全方面的展示序列信息的优势，逐步在临床上得到了普遍应用。病原宏基因组测序检测出病原体并报告相应被检测出的序列数，再依据大数据库判定是否为致病病原体。然而不同的测序平台采用不同的数据库，再由不同的研发、临床和检验**解读，缺乏统一标准，结果也会出现差异。因此仍需将病原宏基因组测序检测数据和临床更好的结合，从而更准确鉴定致病病原体...

在探普生物进行病毒宏基因组测序的流程非常简单，简而言之，客户只需要说清楚样品情况，准备样品即可，其他事宜都由探普来进行安排。大致流程如下：1)与销售人员沟通项目需求和样本情况；2)探普生物工作人员拟定项目合同，双方协商合同内容后签字盖章；3)按样本准备指南准备好样本，填写信息单后通知销售人员预订干冰，安排样本寄运输；4)客户支付项目启动款，探普生物启动项目实验和分析并提供测序报告；5)客户支付项目尾款，探普生物提交测序数据和分析结果；6)售后问题处理，项目结题。全基因组预测的意义揭示了人类生、老、病和死的奥秘。成都宏基因组测序分析哪家好宏基因组有广义和狭义两种概念。广义的概念是指所有可能与人的...

病毒宏基因组学文库中包含兆级的短序列片段（Reads）。通过不同的序列拼接软件将Reads拼接较长的DNA序列片断（Contigs）。数据组装可通过K-mer分析评估各个样品的测序深度，通过对SOAPdenovo设置不同K值，筛选较好组装结果，对较好组装结果进行校正，并统计Reads利用率。接着利用已测序生物体的DNA序列构建数据库，将拼接后的Contigs通过不同的鉴定方案，与数据库里的DNA序列信息进行比对，确定该序列来自的生物群落，筛选有用的基因信息。此外，还可以用一些工具对序列进行基因预测（如Metagene、GeneMark,FragGeneScan等）。微生物鉴定可以采用不同微生物...

在未知传染病的病原体检测方面，传统的体液培养等检测方式整体效率、阳性率低下，PCR检测也局限于已知的病原微生物基因序列，能够准确分析病原体并能够高通量测序的mNGS具有强大的优势。mNGS的这两大优势也令其在这次的病毒检测中发挥出色。宏基因组测序在一年多的时间里也受到了资本市场的普遍关注，发生之后，全球宏基因组测序市场又有多家公司在本季度获得投资。全自动设备处理标本，该设备可以从血浆中分离微生物无细胞核酸（mcfDNA），使用特有工艺去除不必要的人类DNA，然后对样本进行测序，并使用机器学习等手段对数十种实时数百万个数据点来识别匹配项。这种核酸是病原微生物在血液中留下的「痕迹」，通过对这些痕迹...

基因测序技术在此次中起到了至关重要的作用，我国科研单位在一个月之内迅速发现了正确的致病病毒并完成测序，得到了WHO的赞许。我国科学研究者对病毒序列、变异、核酸检测手段的分享也为全世界应对COVID-19带来了极有力的支持。在病毒检测过程中，一种测序技术获得了市场的普遍关注，这个技术就是宏基因组测序（mNGS）技术。宏基因组学（Metagenomics），是以特定环境样品中整个微生物群落基因组作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本的DNA进行高通量测序。对于临床而言，mNGS可以准确的分析患者样本全部微生物，这一点对于传染性疾病的病原体研究具有极高的应用价值。快速检测方法是指从样品制备到出...

病原体-宏基因组测序:1.开发了一种经过验证的临床mNGS检测方法，用于在许可的微生物实验室中诊断脑脊髓液（CSF）引起的脑膜炎和脑炎的传染原因。2.开发了定制的生物信息学管道SURPI+，以快速分析mNGS数据，生成检测到的病原体的自动摘要，并提供用于评估和解释结果的图形用户界面。3.mNGS提供了一种全方面的方法，通过该方法可以在一次测定中准确鉴定几乎所有潜在病原体-病毒，细菌，寄生虫。4.将mNGS测试迁移到临床微生物学实验室仍然面临许多挑战：1、缺乏用于mNGS临床验证的既定蓝图；2、难以将病原体从殖民者或污染物中区分开；3、缺乏专为临床诊断使用的生物信息学软件；4、注重质量和全方面性...

病毒宏基因组测序可直接对样本中的核酸进行高通量测序，鉴定样本中可能存在的病原菌，辅助临床决策。覆盖细菌、病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等13396种微生物；同时进行耐药基因检测，涵盖266种耐药菌，2984种抗性基因。宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用：发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方法的局限，可以直接以标本中所有的遗传物质为研究对象，从而能够快速地鉴定出标本中存在的病毒，形成了一门研究特定环境中病毒群落的新兴学科：病毒宏基因组学(宏病毒组)。DNA病毒基因组测序：动物、人、植物被特定病毒株侵染、分...

宏基因组测序的挑战：背景干扰：病原样本深藏在大量宿主和其它微生物之内，临床病原常为起始量低，背景噪音大的复杂样本，大量宿主信号掩盖了微量病原信号，致使敏感性偏低，难以有效区分。另外，因为RNA病毒需先转化为互补DNA(cDNA)再进行测序，因此病原宏基因组测序技术对RNA病原体检出率比DNA病毒更低。可以考虑对核酸样本进行特殊的处理，对病毒序列进行特异性富集，再进行建库测序。质量控制：病原宏基因组测序技术涉及一系列繁琐的实验操作过程，例如文库构建涉及到基因组打断，测序接头链接，全基因组扩增等多个步骤，每一步骤的目标是要每个分子都以相同的效率执行每个步骤，打断有损失，连接有差别，扩增有偏好，都会...

传统上，人类血液被认为是无菌的。微生物血浆细胞游离DNA（mcfDNA）可能有两种来源，包括微生物（细菌，病毒或噬菌体）的易位，这是指属于人类微生物组的微生物细胞或其组成部分通过与外部环境连通的上皮粘膜进入循环系统。另外，当组织粘膜被局部传染（例如口腔，肺和皮肤传染）或物理损伤（例如侵入性的手术或意外伤害）破坏时，侵入性的病原体可能会偶然进入血液，在严重的情况下引起菌血症或病毒血症。一旦进入循环系统，微生物核酸就会通过循环核酸外切酶被降解，然后形成小的DNA的片段，即微生物血浆细胞游离DNA（mcfDNA）。mcfDNA是一种新兴的传染性疾病诊断生物标志物。尽管绝大多数cfDNA来自于患者自身...

宏病毒组其实就是病毒的宏基因组（meta-genomics），该技术是随着高通量测序技术的兴起而发展起来的。该技术主要是使用大量微生物群体样本的测序数据和生物信息学分析手段，以多种数据库为基础，进行群体的种类和功能分析。因此，它主要的应用场景在于微生物群体研究，如肠道微生物、皮肤微生物、口腔微生物、水体微生物、土壤微生物等。一直以来宏基因组技术都是在细菌领域使用，病毒的样本收集困难、文库构建繁琐、数据库不完善，因此宏基因组技术未能获得普遍应用。上海探普生物科技有限公司立志专门解决病毒方向的基因组研究难题，开发了整套的样本处理和生信分析流程，基于这套流程，研究者们想对样本进行宏病毒组测序就很容易...