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世界粮农组织(FAO)和世界卫生组织(WHO)也对益生菌做了如下定义：通过摄取适当的量、对食用者的身体健康能发挥有效作用的活菌。粮农组织和世界卫生组织组成的联合顾问团强烈建议用分子生物学的手段鉴定益生菌。并推荐益生菌存放于国际性菌物保藏中心。具体的步骤是：先做表型鉴定，再做基因鉴定。基因鉴定的方法有DNA/DNA杂交，16SRNA序列分析或其它国际上认可的方法。然后到RDP上验证鉴定结果。2001年，法国完成株乳酸菌即乳酸乳球菌IL1403的全基因组测序。
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